Циклическое лигазное секвенирование - Секвенирование ДНК
В 2007 г. компанией "Applied Biosystems" (теперь входит в состав корпорации "Life Technologies") была представлена платформа "SOLiD" на основе технологии циклического лигазного секвенирования. В данном методе также используют эмульсионную ПЦР, после которой каждая из микросфер содержит на своей поверхности около миллиона копий одного из исходных ДНК-фрагментов. Затем фрагменты ДНК денатурируют и модифицируют по 3? концу, что позволяет ковалентно связать миллиарды микросфер, покрытых фрагментами ДНК, с подложкой. Затем следует процесс циклического лигазного секвенирования. К одноцепочечной матрице ДНК присоединяют праймер и добавляют синтезированные флуоресцентно меченные восьмичленные олигонуклеотидные зонды. Каждый зонд в позиции 1 и 2 содержит два известных нуклеотида, которые в сочетании со следующими тремя основаниями должны иметь комбинацию последовательности, комплементарную соответствующим коротким фрагментам матрицы. Последние 3 основания, одинаковые (универсальные) для всех зондов, имеют на конце флуоресцентную метку. После того, как один из зондов компле - ментарно связывается с первыми пятью основания - ми от праймера на одноцепочечной матрице ДНК, лигаза сшивает его с праймером. При этом метка детектируется и удаляется вместе с последними тремя универсальными нуклеотидами зонда. Затем происходит сшивание (лигирование) другого зонда, комплементарно соединившегося со следующими пятью основаниями, от зонда уже присоединенного ранее и так далее до конца матрицы ДНК. После чего построенная комплементарная цепь удаляется, а к матрице добавляется праймер, который смещен по месту посадки на один нуклеотид относительно посадки предыдущего праймера, и весь процесс до - стройки второй цепи методом лигирования повторяется. Для определения полной последовательности секвенируемого фрагмента нужно провести эту процедуру с пятью праймерами, каждый из которых смещен относительно предыдущего праймера по месту посадки на один нуклеотид. Длина единичного фрагмента ДНК, секвенируемого методом лигирования, достигает 75 п. н. с точность до 99,99 %. Выпущенный компанией "Applied Biosystems" прибор "5500xl SOLiD System" способен за один цикл секвенировать 3 полных генома человека с 30-кратным покрытием и точностью 99,9999 % .
Похожие статьи
-
Высокопроизводительное пиросеквенирование ДНК - Секвенирование ДНК
В 2004 г. компания "454 Life Sciences" дополнила метод пиросеквенирования возможностями современных технологий. Основой модификации явилось использование...
-
"Классический" метод Сэнгера (ферментативный) - Секвенирование ДНК
В настоящее время "метод терминации цепи", или "дидезокси метод", разработанный в 70-х гг. прошлого века Фредериком Сэнгером, является самым...
-
Принцип секвенирования ДНК по Максаму-Гилберту - Секвенирование ДНК
В основе метода секвенирования ДНК путем химической деградации лежит ограниченное расщепление меченого фрагмента ДНК под действием специфических...
-
Пиросеквенирование - Секвенирование ДНК
Пиросеквенирование -- это метод секвенирования ДНК (определение последовательности нуклеотидов в молекуле ДНК), основанный на принципе "секвенирование...
-
Метод Максама-Гилберта - Секвенирование ДНК
За 20 с лишним лет, прошедших с момента разработки метода определения нуклеотидной последовательности ДНК с помощью ограниченной химической модификации...
-
СОРТИРОВКА ХРОМОСОМ., СЕКВЕНИРОВАНИЕ ДНК. - Генная инженерия
Следующий метод - это метод сортировки хромосом при опмощи цитофлюрометрии. Этот метод может быть использован в двух разных целях: 1) Для идентификации и...
-
Методы расшифровки нуклеотидной последовательности нуклеиновых кислот в отечественной литературе принято называть методами секвенирования. молекулярный...
-
Весь процесс от отбора биологического материала до установления последовательности ДНК, включая стадию подготовки пробы, я разделил на четыре основных...
-
Исторический аспект - Алкоголизация общества
На просторах Северо-восточной Европы невозможно было развить ресторанную культуру Средиземноморья. Люди жили, в основном, хуторами или малыми деревнями...
-
Метод Сэнгера - Перспективная наука геномика
Второй метод, наиболее известный и популярный, разработанн Сэнгером и носящий его имя, основан не на химическом, а на ферментативном подходе. Cэнгер...
-
Основные свойства живых клеток - Цитологические исследования
Изучение живых клеток пролило свет на их жизненно важные функции. Было установлено, что последние можно разбить на четыре категории: подвижность,...
-
Терминация - Молекулярный механизм репликации ДНК
После завершения репликации хромосомы 5'-концы дочерних цепей ДНК недостроены, так как после удаления праймеров эти фрагменты оказываются...
-
Лечение данной пациентки. Оперативное лечение - Двулодыжечный перелом. Перелом обеих лодыжек
Из наружного бокового разреза обнажают линию перелома латеральной лодыжки. Удаляют гематому, очищают суставную щель. Освежают костной ложкой костные...
-
Молекулы ДНК являются линейными макромолекулами, представляющими собой длинные двойные цепи (тяжи) полимеров, составленных из мономеров, получивших...
-
Биологическими маркерами принято считать устойчивые биохимические, физиологические, анатомические и иные признаки организмов, варьирующие в норме в...
-
Пожалуй, наиболее важным моментом является устранение контакта с аллергенами из окружающей среды. Медикаментозное лечение аллергии довольно ограничено....
-
Реакция фотогидратации - Фотохимические превращения ДНК. Люминесцентные метки и зонды
Этот процесс - вторая важная фотохимическая реакция пиримидиновых оснований ДНК, которая заключается в присоединении воды к пиримидиновым основаниям ДНК,...
-
Элонгация - Молекулярный механизм репликации ДНК
Репликация ДНК осуществляется ДНК-зависимыми ДНК-полимеразами. Данный фермент обладает некоторыми свойствами: 1. Фермент не может начинать синтез. Он не...
-
Конечно, нельзя установить единый распорядок дня для всех студентов, однако соблюдение определенных гигиенических правил, обусловленных особенностями...
-
Соединение разных плазмид, Эксперименты с двумя видами - Генная инженерия
Плазмиды можно разрезать, фрагменты сращивать друг с другом, а затем такие комбинированные плазмиды вводить в клетки. Можно соединять фрагменты ДНК...
-
Повторяющаяся ДНК - Геном человека
В любом сложном геноме ДНК можно подразделить на два типа: однокопийную ДНК (т. е. последовательности, представленные в гаплоидном геноме единственными...
-
Процесс саморегуляции в дубраве проявляется в том, что все разнообразное население леса существует совместно, не уничтожая полностью друг друга, а лишь...
-
Биологические признаки - Гладиолусы
К биологическим признакам относятся сроки цветения, которые различаются у разных сортов. У каждого растения гладиолуса существует определенный период...
-
Жизненный цикл клетки - Биологические механизмы жизненного цикла клетки
Биологический клетка деление До сих пор много тайн клетки остаются неразгаданными. Загадочным во многом остается и запрограммированный генетически...
-
Уход за посадками - Гладиолусы
Успех получения хороших соцветий и высококачественного посадочного материала в значительной степени зависит от ухода за посадками гладиолусов в период...
-
Понятие физической картины мира - Развитие физической картины мира
Термин "физическая картина мира" обычно приписывается Г. Герцу, немецкому физику, одному из основателей электродинамики, который в 1886-89 гг....
-
Лечение - Острый двухсторонний гайморит
Постельный режим. Жаропонижающие средства ( ацетилсалициловая кислота, амидопирин, анальгин, парацетамол ). Сульфаниламидные препараты ( этазол,...
-
С тех пор как люди изобрели книгопечатание, книга стала главным хранителем опыта, мыслей, знаний человечества и одновременно главным источником...
-
Метаболизм микрообранизмов - Физиология микроорганизмов
Метаболизм микрообранизмов - совокупность всех биохимических процессов происходящих в клетке. Различают энергитичекий метаболизм 9катабализм) - реакции...
-
Введение - Подгруппа разноусые бабочки: систематическое положение, морфология, биология, значение
В данной курсовой работе я рассматриваю группу разноусые бабочки. Бабочки являются одними из самых красивых насекомых. Отряд чешуекрылых охватывает...
-
ПРИМЕРЫ СИММЕТРИИ В ПРИРОДЕ - Основы учения о симметрии
Симметрия веками оставалась тем свойством, которое занимало умы философов, астрономов, математиков, художников, архитекторов и физиков. Древние греки...
-
Прикладная математика - Методология научного исследования в естествознании
Астрономы и физики раньше других поняли, что математические методы для них не только способы вычисления, но и один из основных путей проникновения в...
-
Математика и окружающая среда - Методология научного исследования в естествознании
Повсюду нас окружают движение, переменные величины и их взаимо-связи. Различные виды движения и их закономерности составляют основной объект изучения...
-
Общенаучные методы исследования - Методология научного исследования в естествознании
Процесс познания как основа любого научного исследования представляет собой сложный диалектический процесс постепенного воспроизведения в сознании...
-
Простейшие с организацией жгутиконосцев - Строение, размножение и жизненные циклы простейших
Данная группа включает более 10 типов. Свободноживущие и паразитические животные. Одиночные, реже колониальные. Размеры животных и форма тела...
-
1)Мацерация Препараты костей готовятся методом мацерации (отгнивание, разрыхление, размачивание). Очищенные от мягких тканей кости (скоблить их ножом...
-
Генетический скрининг новорожденных - Геном человека
Основная цель генетического скрининга новорожденных состоит в * Обнаружении аномалий еще до того, как они станут симпоматичными, дабы успеть применить...
-
Функциональная единица наследственности, его свойства - Этические принципы научных исследований
Ген - это элементарный материальный наследственный фактор, определяющий строение белковой полипептидной цепи. Это участок ДНК, кодирующий развитие...
-
Иммуноферментный анализ - Производство биоферментных препаратов
Иммуноферментный анализ - это новый метод анализа, который используется с целью контроля в продуктах питания микотоксинов, гормонов, а также...
-
Биокатализ и биотрансформация - Производство биоферментных препаратов
Процессы, в результате которых под действием микроорганизмов или ферментов происходит изменение химического состава исходного вещества При биокатализе -...
Циклическое лигазное секвенирование - Секвенирование ДНК