Этапы подготовки и секвенирование последовательности ДНК, Факторы влияющие на качество секвенсовой реакции - Секвенирование ДНК

Весь процесс от отбора биологического материала до установления последовательности ДНК, включая стадию подготовки пробы, я разделил на четыре основных блока (этапа). Первый блок это - наработка матрицы интересующей нас последовательности для последующего проведения с ней секвенсовой реакции, второй - это непосредственная постановка и проведение секвенсовой реакции, третий, третий блок включает капиллярный электрофорез и четвертый непосредственный анализ "сырых" данных полученных в ходе проведения секвенирования. Остановлюсь немного поподробней на каждом из этапов. Первый этап наработка матрицы интересующей нас последовательности для последующего проведения с ней секвенсовой реакции является самым продолжительным во временном отношении и включает в себя несколько стадий. Экстракцию ДНК из биологического материала. В настоящее время на рынке есть множество наборов для решения этой задачи. В зависимости от объекта исследований это может быть как ДНК растений, так и ДНК животных. После выделения (получения) образца ДНК интересующего нас объекта, необходимо наработать большое количество матрицы определенного участка (в зависимости от задачи исследования). Для этого при помощи полимеразной цепной реакции амплифицируем ("размножаем") интересующий нас участок молекулы ДНК. Далее чистим продукт ПЦР реакции (Разгонка в агарозом геле, вырезание и чистка от геля), после чего используем его в качестве матрицы для проведения секвенсовой реакции. Второй этап проведение секвенсовой реакции и очистка ее продукта. В настоящее время дидезоксинуклеотиды метят четырьмя разными флуоресцентными красителями и проводят ПЦР в одной пробирке, о чем было сказано выше. Третий этап электрофорез продуктов секвенсовой реакции в полиакриламидном геле. Еще раз повторюсь, что современные приборы используют для секвенирования ДНК капиллярный электрофорез. Данный этап полностью автоматизирован, и проходит в секвенаторе. Последним этапом на пути к получению последовательности является этап обработки данных полученных с прибора.

Факторы влияющие на качество секвенсовой реакции

* Условие проведения реакции * Качество реактивов используемых для секвенсовой реакции * Качество и количество наработанной матрицы НК для секвенсовой реакции * Срок хранения наработанной матрицы

Похожие статьи

• Факторы водителей, на время реакции - Определение цветовой остроты зрения

  Рассмотрим, как влияют отдельные факторы на общее время реакции водителя. При измерении времени реакции водителей на приборе, сконструированном в МАДИ,...

• Факторы, влияющие на процесс клонального микроразмножения - Биотехнология микроклонального размножения особей

  На эффективность микроклонального размножения влияет масса факторов различной природы. Это физиологические особенности вводимого в культуру растения,...

• Последовательность развития различных мышц, особенности развития двигательных качеств у детей и подростков - Характеристика и особенности развития мышечной системы человека

  К двигательным качествам относятся сила, скорость (быстрота), ловкость, гибкость и выносливость. Они обусловлены ростом и развитием всего организма....

• Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) - Перспективная наука геномика

  В 1985 году К. Мюллис с сотрудниками разработали метод клонирования последовательностей ДНК in vitro, который получил название полимеразной цепной...

• "Классический" метод Сэнгера (ферментативный) - Секвенирование ДНК

  В настоящее время "метод терминации цепи", или "дидезокси метод", разработанный в 70-х гг. прошлого века Фредериком Сэнгером, является самым...

• Факторы, влияющие на интенсивность дыхания - Нуклеиновые кислоты и их структура

  Дыхание, подобно другим процессам жизнедеятельности, зависит от факторов среды: температуры, влажности, содержания кислорода, степени освещенности и др....

• Какая последовательность проникновения сперматозоида при оплодотворении через оболочки яйцеклетки у человека?, Что называется кортикальной реакцией?, Что называется термином синкарион? - Эмбриология человека

  - цитолемма - блестящая оболочка - фолликулярная оболочка - цитолемма - фолликулярная оболочка - блестящая оболочка - блестящая оболочка - цитолемма -...

• Энзимотерапия - Использование ферментов в медицинской практике в качестве лекарственных средств

  Энзимотерапия - это использование ферментов в качестве лекарственных средств. Использование ферментов в качестве терапевтических средств имеет много...

• Этапы микроклонального размножения растений - Биотехнология микроклонального размножения особей

  Процесс клонального микроразмножения можно разделить на 4 этапа: 1. Выбор растения-донора, изолирование эксплантов и получение хорошо растущей стерильной...

• Масло энотеры - биологически активная добавка, применяемая в качестве дополнительного источника полиненасыщенных кислот, витамина Е. [23] - Биологически-активные добавки

  Источник: Ослимнник, или Энотемра (лат. Oenothйra) - род растений семейства Кипрейные (Onagraceae). Это довольно большой род (до 100 видов), включающий...

• Анафилактоидные реакции во время общей анестезии - Лекарственная аллергия

  1. Клиническая картина. Распространенность анафилактоидных реакций во время общей анестезии составляет от 1:5000 до 1:15 000. В 4--6% случаев эти реакции...

• Введение, Применение ферментов в медицине - Использование ферментов в медицинской практике в качестве лекарственных средств

  Ферменты (от латинского слова fermentum - закваска) - белки, которые обладают каталитической активностью и характеризуются очень высокой специфичностью и...

• Генная инженерия в медицинской микробиологии, Генетические методы, применяемые в микробиологической диагностике, Метод молекулярной гибридизации, Полимеразная цепная реакция - Организация генетического материала у бактерий

  В медицинской микробиологии все шире используются методы генной инженерии, с помощью которых "заставляют" микроорганизмы продуцировать нужные медицинской...

• Числовые показатели качества сырья., Лекарственное значение облепихи и способы ее лечебного использования. - Облепиха крушиновидная - Hippophae rhamnoides L. Сем. Лоховые - Elaeagnaceae

  Качество сырья плодов облепихи свежих регламентируется ВФС 42-1741-87 "Плод облепихи свежий". Содержание суммы каротиноидов в пересчете на абсолютно...

• СОРТИРОВКА ХРОМОСОМ., СЕКВЕНИРОВАНИЕ ДНК. - Генная инженерия

  Следующий метод - это метод сортировки хромосом при опмощи цитофлюрометрии. Этот метод может быть использован в двух разных целях: 1) Для идентификации и...

• Методы биологических исследований - Аналогия и моделирование в биологических исследованиях

  Когда мы говорим о биологии, мы говорим о науке, которая занимается исследованием всего живого. Все живые существа, включая ареал их обитания, изучаются....

• Факторы, влияющие на продуктивность умственной деятельности - Основы здорового образа жизни студенческой молодежи. Физическая культура в обеспечении здоровья

  Молодежь гигиена санитария здоровье При умственной работе имеет значение многие, на первый взгляд, мелкие факторы: - известно, что занимающиеся в...

• Влияющие факторы - Лечение кожных заболеваний

  Гормональные нарушения, возникающие в организме женщины в период климактерия, вызывают различные изменения со стороны кожи. Функциональные изменения...

• Почему жаба вынуждена двигаться ползком или мелкими прыжками, а прыгает хуже, чем лягушка?, Где на территории стран СНГ встречаются тритоны и саламандры?, Каково значение земноводных животных?, Сколько насекомых может уничтожить одна жаба за одну ночь?, Какое количество насекомых уничтожает одна жаба за 9 месяцев?, Земноводные используются человеком в качестве... - Фауна Узбекистана

  1) [+]ее задние конечности развиты слабее, чем у лягушки 2) [-]ее передние конечности развиты слабее, чем у лягушки 3) [-]из-за большего размера и веса...

• Применение ферментов в качестве лечащих средств - Использование ферментов в медицинской практике в качестве лекарственных средств

  1. Самыми распространенными ферментативными препаратами являются комплексы ферментов желудочно-кишечного тракта (Фестал, Панзинорм форте, Мезим форте,...

• Особенности городских условий и их влияние на жизнь растений в городе, Световой фактор - Синантропная флора Дальнего Засвияжья г. Ульяновска

  Условия внешней среды оказывают огромное влияние на развитие растений, на их внешний облик и долговечность. Основные экологические факторы в городах...

• Факторы популяционной динамики, Инбридинг - Генетические процессы в популяциях

  Инбридинг Понятие "инбридинг" широко используется в популяционной генетике при описании особенностей генетической структуры популяций. Случайное...

• Этапы биосинтеза белка, Транскрипция - Биосинтез белков. Ген и его роль в синтезе белков

  Транскрипция Мост между геном (кодонами) и белком обеспечивается РНК. Точнее, информация, закодированная в последовательности азотистых оснований ДНК,...

• Этапы проведения бактериологического исследования - Ассоциативные болезни птиц

  1 день- Вскрытие трупов, посевы из внутренних органов на МПБ и МПА 2 день - При росте типичных для эшерихий колоний, снятие 2-3 характерных колоний и...

• Этапы создания искусственных органов - Тканевая инженерия в медицине

  На сегодняшний день одна из стратегий тканевой инженерии такова: 1. Отбор и культивирование собственного или донорского клеточного материала. Клеточный...

• Химические реакции, протекающие на примитивной Земле, Энергетический метаболизм и синтез полимеров в современных организмах - Возникновение жизни на Земле

  На примитивной Земле протекали различные химические процессы, но особую роль играли те из них, в основе которых лежит фосфор. В конечном счете именно с...

• Амплификация фрагментов генов 16S рРНК, Определение нуклеотидного состава ДНК, Определение нуклеотидных последовательностей генов 16S рРНК - Идентификация коллекционных культур бактерий современными масс-спектрометрическими и молекулярно-генетическими методами

  ПЦР проводили в ДНК-амплификаторе "Gene Amp PCR System 9700" ("Applied Biosystems", США) с использованием бактериальных праймеров: прямого 27F и...

• Основные этапы истории развития анатомии животных - История развития анатомии. Основные направления анатомии. Объекты и методы изучения. Структурные элементы организма. Основные законы биологического развития. Основные принципы строения тела животного

  1) Идеалистический этап был характерен для эпохи Древнего Мира и связан с именами древнегреческих философов Платона (427-347 до н. э.) и Аристотеля...

• Норма реакции - Формы изменчивости живых организмов

  Предел проявления модификационной изменчивости организма при неизменном генотипе -- норма реакции. Норма реакции обусловлена генотипом и различается у...

• Бруцеллы Таксономия. Морфология, Культуральные свойства Факторы патогенности Принципы лаб диагностики - Частная микробиология

  Таксономия: Семейства Brucellaceae класса Альфа-протобактерий Возбудители бруцеллеза B. melitensis, B. abortus, B. suis, B. canis, B. ovis относятся к...

• Возбудитель Туляремии. Таксономия. Характеристика фактора патогенности. Основной метод лаб. Диагностики и специфическая профилактика - Частная микробиология

  Таксономия: отдел Gracilicutes, род Francisella. Возбудитель - Francisella tularensis. Морфология: мелкие кокковидные полиморфные палочки, неподвижные,...

• Анафилактические реакции - Лекарственная аллергия

  1) Анафилактические реакции на инсулин требуют такого же лечения, как анафилактические реакции, вызванные другими аллергенами (см. Гл. 11, П. V ). При...

• Реакция "трансплантат против хозяина" - Понятие иммуногематологии

  Угрожающее жизни состояние, которое развивается после трансплантации аллогенного костного мозга и может приводить к тяжелому поражению внутренних...

• Влияние внутренних и внешних факторов на фотосинтез - Нуклеиновые кислоты и их структура

  Фотосинтез осуществляется в полуавтономных органеллах - хлоропластах. Однако он в значительной мере контролируется процессами, происходящими в растении,...

• Используются при проверке знаний тесты, особенно это актуально при подготовке к ЕГЭ. - Самообразование учителя биологии

  Воспитание и обучение ребенка основывается на эмоциональной почве. Учителю нужно понять, что в детстве человек должен пройти эмоциональную школу....

• Выводы - Анализ этапов эволюции биоструктур до структур, способных объяснить большинство загадок зарождения генетических кодов. Часть 1

  Именно броуновское движение органических молекул в водной среде является причиной не только самоорганизации БС, но и их самовосстановления....

• Роль внутренних и внешних факторов в формировании физической картины мира - Развитие физической картины мира

  На эволюционном этапе развития физики важнейшие физические знания развиваются по преимуществу под влиянием внутренних факторов. На основе опытных фактов...

• Введение - Секвенирование ДНК

  Методы расшифровки нуклеотидной последовательности нуклеиновых кислот в отечественной литературе принято называть методами секвенирования. молекулярный...

• Факторы и критерии роста и развития в постнатальном онтогенезе. - Антропология возраста: основные подходы

  В норме процессы роста и развития имеют четкую направленность и способность к самостабилизации, сохранению постоянства в развивающихся системах...

• Контроль качества работы, Новое в работе лаборатории - Характеристика деятельности бактериологической лаборатории г. Юрга

  Этот раздел работы лаборатории предусматривает контроль: А. Внутрилабораторный. Б. Межлабораторный. А. Внутрилабораторный контроль: Бактериологический и...

Этапы подготовки и секвенирование последовательности ДНК, Факторы влияющие на качество секвенсовой реакции - Секвенирование ДНК

Предыдущая | Следующая