Исследование транскриптома при преэклампсии - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Одним из активно разрабатываемых направлений с применением технологии микрочипов является исследование транскрипционных профилей при сложных заболеваниях. В этой связи плацента вызывает большой интерес как орган, продуцирующий широкий спектр биологически активных молекул, участвующих в развитии гестоза. Технология микрочипов позволяет одновременно отслеживать экспрессию десятков тысяч генов, создавая молекулярный портрет клетки [156]. Множество исследований плацентарных генов при преэклампсии позволило идентифицировать гены-кандидаты развития данного заболевания. В последние годы около 20 независимых исследований были направлены на изучение экспресии плацентарных генов при преэклампсии. Шесть из них осуществлялись методом анализа экспрессионных профилей. Большинство исследований не показало статистически значимых повышений уровня экспресии предпологаемых генов-кандидатов, кроме уровня экспресии гена LEP и FLT1. В одной из недавних работ была изучена избирательная экспрессия плацентарных генов у беременных с преэклампсией и женщин с неосложненным течением беременности [117]. На основе сравнительного анализа транскриптомных профилей плацентарных генов была подобрана панель из 213 генов, в таблице 1 представлены некоторые из них. Кроме того было экспериментально установлено что экспрессия гена LEP В 40 раз выше и в наибольшей степени коррелирует с тяжелым течением гестоза. При сравнении плацентарных генов между рано и поздно начавшейся преэклампсией (до 34 недель) были выявлены 168 генов оксидативного стресса, воспаления и эндотелиальной дисфункции, возникших в ранние сроки. Анализ профилей экспрессии, полученных с помощью биочипов, был подтвержден определением уровня экспрессии методом ПЦР в реальном времени, количественным определением хорионического гонадотропина в моче и гистопатологическим исследованием плаценты.

Таблица 1 - Дифференциально-экспрессирующиеся гены по данным полногеномных исследований экспресии генов плацентарной ткани женщин с физиологической беременностью и пациенток с преэклампсией*

Ген

Продукт гена (белок)

Популяция

F C

Автор

LEP

Лептин

Норвегия

40,0

Sitras 2009

Венгрия

108,9

T. Varkonyi 2011

Япония

10,9

Haruki Mishizava 2011

Корея

4,4

Gui Se Ra Lee 2010

США

5,5

Daniel A.

FLT

Рецептор сосудисто-эндотелиального фактора роста

США

2,8

Daniel A.

Япония

2,4

Haruki Mishizava 2011

Корея

3,2

Gui Se Ra Lee 2010

Швеция

2,4

M. Centlow 2011

Норвегия

2,6

Sitras 2009

PAPPA2

Ассоциированный с беременностью плазменный белок А 2 типа

Норвегия

2,9

Sitras 2009, Mari LOSED 2011

Япония

2,6

Haruki Mishizava 2011

Венгрия

4,9

T. Varkonyi 2011

PCDH

Протокадхерин

США

2.7

Daniel A.

Норвегия

2,0

Sitras 2009

VEGF

Фактор роста сосудистого эндотелия

Корея

2,9

Gui Se Ra Lee 2010

Норвегия

Mari LOSED 2011

INHA

Ингибин альфа

Швеция

2,3

M. Centlow 2011

США

1,9

Daniel A.

Норвегия

3,0

Sitras 2009

HEXB

Гексоминидаза В

США

1,6

Daniel A.

Япония

Haruki Mishizava 2011

Норвегия

Mari LOSED 2011

LDHA

Лактодегидрогеназа

Норвегия

Mari LOSED 2011

Корея

2,1

Gui Se Ra Lee 2010

CGB

Гонадотропин хориона

Венгрия

10,2

T. Varkonyi 2011

TMEM100

Трансмембранный белок 100

Япония

4,7

Haruki Mishizava 2011

TMEM8

Трансмембранный белок 8

Норвегия

5,0

Sitras 2009

CGB1, 2, 5, 7

Гонадотропин хориона1, 2, 5, 7

Япония

4,4-4,7

Haruki Mishizava 2011

CGB

CYP

Гонадотропин хориона

Цитохром Р450

Норвегия

3,5

Sitras 2009, Mari LOSED 2011

Норвегия

3,0

Sitras 2009, Mari LOSED 2011

США

2,26

Daniel A.

CGB1, 2, 5, 7

Гонадотропин хориона1, 2, 5, 7

Швеция

3,3

K. Ionus 2011

Корея

2,0

Gui Se Ra Lee 2010

OSM

Онкостатин М

Норвегия

Mari LOSED 2011

Корея

3,5

Gui Se Ra Lee2010

*Примечание: В таблице представлены ДЭГ статистически значимо ассоциированные с риском ПЭ по данным нескольких исследований.

По мнею S. Founs, альтернативой ассоциативным исследованиям, нацеленным на изучение причин возникновения МФЗ, должны стать иследования дифференциальной экспресии генов в здоровых и пораженных заболеванием тканях[138].

Таким образом, развитие технологии микрочипов существенно расширило область молекулярных исследований до анализа целого генома и транскриптома (совокупность всех транскриптов в клетке). Технология микрочипов используется для расшифровки сложных механизмов возникновения гестоза, выявления генов предрасположенности к гестозу. Применение микрочипов в комбинации с другими подходами должно привести к разработке и созданию диагностических тестов, в том числе и на основе технологии микрочипов.

Похожие статьи




Исследование транскриптома при преэклампсии - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Предыдущая | Следующая