Исходя из цели были поставлены следующие задачи:, ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ, Основные принципы картирования генов МФЗ - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

    1) Провести анализ ассоциаций генотипов и аллелей исследованных полиморфизмов с гестозом в популяциях русских и якутов. 2) Оценить ассоциации исследованных tagSNPs генов LEP и ACVR2A с развитием отдельных клинических форм гесоза в русской и якутской популяциях. 3) Провести анализ частот гаплотипов генов LEP И ACVR2A в исследованных группах русских и якутов.

Работа выполнена в лаборатории эволюционной генетики НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Основные принципы картирования генов МФЗ

Изучение наследственной предрасположенности к многофакторным заболеваниям крайне важно для их диагностики и терапии. В течение последних десятилетий поиск генов-кандидатов осуществляется двумя способами - анализом ассоциаций и анализом сцепления[7]. Большую практическую ценность представляет исследование полиморфных маркеров в генах-кандидатах, продукты которых вовлечены в патогенез многофакторного заболевания [24].

Первый заключается в сканировании генома с помощью большого набора микросателлитных или однонуклеотидных полиморфных маркеров и в анализе сцепления без изначальной "привязки" к какому-то конкретному региону, суть второго подхода состоит в том, что анализ сцепления проводится в определенном участке, где расположены известные гены-кандидаты заболевания или признака. Оба подхода имеют преимущества и недостатки, и наиболее точные результаты, по-видимому, можно получить при их совместном использовании.

Большую практическую ценность представляет исследование полиморфных маркеров в генах-кандидатах, продукты которых вовлечены в патогенез многофакторного заболевания. Анализ сцепления основан на определении вероятности совместного наследования фенотипического признака (заболевания) и исследуемого маркера в семье. При этом исследуют совместную сегрегацию генов при передаче от родителей к потомкам в ряду поколений [24].

При использовании метода идентичных по происхождению аллелей (IBD, identical by descent) информацию о сцеплении получают в результате анализа наследования маркеров в парах больных родственников без предварительного выбора типа наследования и других характеристик. Данный подход заключается в оценке того, насколько чаще по сравнению со случайной сегрегацией пара больных родственников (чаще всего для анализа используют сибсовые пары) наследует один и тот же аллель. Анализ сцепления может проводиться с исследованием как ядерных (оба сибса больны), так и простых (один сибс болен, а один здоров) семей. При этом оцениваются шансы (вероятности) за и против сцепления в данной семье. Количественным показателем сцепления является логарифм соотношения шансов (правдоподобия) за и против сцепления - лод-балл (от английского "logarithm of odds ratio"). Сцепление считается подтвержденным, если лод-балл превысит значение 3.0 (т. е. вероятность совместного наследования признака и маркера в 1000 раз больше, нежели вероятность их раздельного наследования). Если ни на одной из проанализированных семей не обнаруживается статистически значимое сцепление, лод-балл рассчитывают, используя суммарные данные для нескольких семей. При этом необходим тщательный отбор семей из общей группы по фенотипическим признакам, позволяющих объединить их в одну подгруппу [24]. Также активно используют мультилокусный анализ сцепления, при котором рассчитывается соотношение вероятностей для каждого интервала между двумя соседними из десятков и сотен полиморфных маркеров, распределенных по всему геному. Интервалы, для которых значения лод-балла превышают 3.0, считают наиболее вероятными областями локализации гена, ассоциированного с конкретной патологией [24].

Наряду с анализом сцепления, при использовании которого необходимы полные семьи с двумя сибсами, в методе неравновесной передачи аллелей (TDT, transmission disequilibrium test) могут использоваться семьи с единственным потомком. Этот метод основан на анализе частот передачи аллелей полиморфных маркеров, расположенных в интересующей исследователя области генома, от гетерозиготных по данному маркеру родителей к больному потомку. Для сравнения используют аналогичные гетерозиготные семьи, но со здоровым потомком [137].

К сожалению, несмотря на преобладание в литературе в течение ряда лет работ, использующих данный метод, для многих заболеваний его результаты были редко воспроизводимы в независимых исследованиях [120]. Точность локализации локуса сцепления не превышает нескольких млн. п.н. и, как правило, требуются работы по более точному картированию с использованием однонуклеотидных полиморфизмов и блоков неравновесия по сцеплению [87, 100].

Подход "ген-кандидат" позволяет сфокусироваться на одном или нескольких вариантах в области гена, продукт которого вероятно вовлечен в развитие патологии. Обычно исследование проводится на группах из нескольких сотен больных и здоровых индивидах или семьях. В первом случае проводят анализ распределения аллелей и генотипов исследуемого генетического маркера в выборке из неродственных здоровых лиц (популяционный контроль) и в группе больных (группа "случай") с тем, чтобы выявить значимые различия в частоте генетического маркера (аллеля). Генетический маркер считается ассоциированным с болезнью, если его частота среди больных значимо выше, нежели в контрольной выборке. Наличие ассоциации либо свидетельствует о прямой связи между исследованным локусом и наследственной патологией, либо в основе ассоциации может лежать неравновесное сцепление между маркерным локусом и локусом, обуславливающим развитие болезни, если эти локусы расположены достаточно близко друг от друга

Ассоциация может оказаться мнимой за счет негомогенности популяции, малочисленности выборок, некорректности критериев отбора при формировании выборок больных и здоровых индивидов или неправильных представлений об этиопатогенезе заболевания. Нежелательных эффектов, связанных с этнической неоднородностью популяции, можно избежать, проводя анализ ассоциации в гомогенных изолированных популяциях. Группы сравнения должны быть правильно подобраны и хорошо охарактеризованы клинически и биохимически. Необходимо, чтобы они были гомогенны по негенетическим факторам риска [24].

Похожие статьи




Исходя из цели были поставлены следующие задачи:, ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ, Основные принципы картирования генов МФЗ - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Предыдущая | Следующая