Полногеномный анализ ассоциаций, Полногеномный анализ ассоциаций tagSNPs с преэклампсией - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Полногеномный анализ ассоциаций tagSNPs с преэклампсией

GWAS (Genom-wide association study) - полногеномный анализ ассоциаций позволяет выявить множество общих генетических последовательностей у разных людей, а так же установить связь с определенным заболеванием. GWAS как правило направлены на исследование ассоциаций между однонуклеотидными полиморфизмами (SNPs) и предрасположенностью к какой-либо болезни. В этих исследованиях обычно сравнивают ДНК взятую у людей, принадлежащих одной из двух групп: к контрольной либо к группе больных людей. Этот метод позволяет выявить "гены-кандидаты" по факту повышения частоты SNPs в группе больных людей, в сравнении с контрольной группой. Полногеномные исследования идентифицируют SNPs и другие варианты ДНК(CNV, повторв и др.), которые связаны с заболеванием, но часто не способны ответить на вопрос какие гены из полученного списка "генов-кандидатов" действительно влияют на развитие болезни[95].

В полногеномном анализе ассоциаций генов предрасположенности к преэклампсии, проведенном гуппой ученых из из Америки, Англии, Австралии и Финляндии, под руководством Matthew P. Johnson были получены убедительные доказательства в пользу локализации очага "генов-кандидатов" на хромосоме 2q14.2. Данное исследование проводилось в 3 популяционных когортах: австралийцев, норвежцев и финнов. Данные предварительных исследований - анализа транскрипционных профилей, не показали вовлечености полиморфных вариантов генов (SNP) в этиопатогенез преэклампсии. Причины, по которым были получены такие результаты, авторы связали с генетической гетерогенностью, экологическими и возрастными эффектами, эпистатическими взаимодействиями и статистическими ошибками [118, 132, 92]. В этом контексте, примечательно, что в проведенном в австралийских семьях этой группой ученых исследовании, авторы сообщили о вероятной причастности гена ACVR2A [88, 112,113] и гена ERAP2 [100] к риску развития предварительной эклампсии (рис.3). Полученные результаты не удалось воспроизвести в норвежской группе. В случае с ACVR2A и ERAP2 Matthew P. Johnson со своей группой, впоследствии, смогли продемонстрировать ассоциацию с предварительной эклампсией в норвежской когорте, используюя более расширенный набор SNPs этих генов [128, 100]. Эти данные могут быть совместимыми с существованием редких вариантов рисковых аллелей, которые указывают на различия в структуре неравновесия в австралийской, норвежской и финской группах.

распределение snps всего генома в австралийской когорте (р < 5,114ч10-7 - 1,022ч10-6)

Рисунок 3 - Распределение SNPs всего генома в австралийской когорте (р < 5,114Ч10-7 - 1,022Ч10-6)

Помимо данных о наличии очага генов предрасположенности к преэклампсии в локусе 2q14.2, был найден еще один позиционный ген-кандидат INHBB, эти данные подтвердиди причастность активина, ингибина и других членов суперсемейства TGF-b к риску развития преэклампсии [123, 116, 90, 141].Факт биологической связи INHBB и ACVR2A говорит о том, что позиционное клонирование в акстралийских семьях, а затем и в группе австралийцев, не имеющих родственных связей, позволило выявит гены, которые определяют ключевой путь, восприимчивости к предварительная эклампсия.

Таким образом, на сегодняшний день полногеномные исследования генов-кандидатов гестоза являются глобальной стратегией в познании генетической предрасположенности к гестозу и раскрывают многие неясные аспекты патофизиологии гестоза.

Похожие статьи




Полногеномный анализ ассоциаций, Полногеномный анализ ассоциаций tagSNPs с преэклампсией - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Предыдущая | Следующая