Установление родства с учетом консенсусных последовательностей - Систематическое положение группы Microsporidia

Было высказано предположение, что некая последовательность из 10 нуклеотидов является характерной для грибов, метазоев и микроспоридий.

Сначала зафиксируем наличие или отсутствие последовательности среди организмов выбранных групп.

EF-1-alpha:

    (1) Между положениями 210 и 219 у грибов, метазоев и микроспоридий зажата консенсусная последовательность, отсутствующая у растений и архей. (2) Наиболее консервативные позиции - 211, 212, 219. (3) Parabasalia имеет глицин в 219 позиции
фрагмент выравнивания ef-1-alpha, где выделена предполагаемая консервативная последовательность. подборка организмов с помощью blast

Рис. 7 - Фрагмент выравнивания ef-1-alpha, где выделена предполагаемая консервативная последовательность. Подборка организмов с помощью BLAST.

Затем проверим, встречается ли данная последовательность в других таксонах:

    (1) Между положениями 216 и 229 у грибов, метазоев и микроспоридий зажата консенсусная последовательность. (2) У Myxomycota, Parabasalia, Diplomonadida, Archaea, Bacteria, Viridiplantae отсутствует эта последовательность. (3) Наблюдается вариабельность в последних трех остатках.
фрагмент расширенного выравнивания ef-1-alpha, где выделена предполагаемая консервативная последовательность. подборка организмов с помощью blast

Рис. 8 - Фрагмент расширенного выравнивания ef-1-alpha, где выделена предполагаемая консервативная последовательность. Подборка организмов с помощью BLAST.

Похожие статьи




Установление родства с учетом консенсусных последовательностей - Систематическое положение группы Microsporidia

Предыдущая | Следующая