Установление родства методом построения филогенетических деревьев - Систематическое положение группы Microsporidia
Гистон H2A:
- (1) Microsporidia - базальная ветвь по отношению к грибам, Metazoa, паразитическим протистам. (2) Наиболее близко располагаются к к микроспоридиям Myxomycota. (3) Внутри Metazoa наблюдаются разные тенденции.
Рис. 1 - Реконструкция филогенетического древа по гистону Н2А. Fungi: Pucciniastriiformisf. sp. Tritici, Piriformosporaindica, Serpula lacrymans var. lacrymans; Metazoa: Xenopus laevis, Homo sapiens, Caenorhabditis japonica; Placozoa: Trichoplax adhaerens; Excavata: Histomonas meleagridis; Alveolata: Paramecium tetraurelia; Myxomycota: Dictyostelium discoideum; Archaea: Methanocaldococcus jannaschii; Microsporidia: Encephalitozoon cuniculi
ДНК-полимераза E:
- (1) Как можно видеть из древа, ветвь микроспоридий базальна по отношению к Fungi и Archaeplastida, но все же с Fungi последовательность более схожа, чем с ветвью Archaeplastida. (2) Полимеразы "высших" и "низших" растений отличаются в большей степени друг от друга, чем те же белки аскомицетов и базидиомицетов. (3) Также можно заметить, что ДНК-полимеразы типа архей и микроспоридий наиболее схожи.
Рис. 2 - Реконструкция филогенетического древа по ДНК-полимеразе. Fungi: Ustilago hordei, Mucor ambiguus, Rhizopus microsporus; Metazoa: Homo sapiens, Schistosoma mansoni; Viridiplantae: Arabidopsis thaliana, Volvox carteri f. nagariensis, Chlamydomonas reinhardtii; Archaea: Haloquadratum walsbyi; Microsporidia: Nematocida sp.
Глицинил-тРНК-синтетаза (далее - ГТРС):
- (1) ГТРС грибов и растений имеют общего предка. (2) Parabasalia и Archaea сестринские группы, отстоящие от Microspotidia. (3) Микроспоридии - базальная ветвь по отношению к грибам и растениям.
Рис. 3 - Реконструкция филогенетического древа по глицинил-тРНК-синтетазе. Fungi: Schizosaccharomyces pombe, Talaromyces marneffei; Parabasalia:Giardia intestinalis, Trepomonas sp.; Viridiplantae: Solanum lycopersicum, Liriodendron tulipifera; Archaea: Methanopyrus kandleri; Microsporidia: Encephalitozoon cuniculi.
ДНК-зависимая РНК-полимераза:
- (1) Микроспоридии - базальная ветвь по отношению к Fungi, Diplomonadida, Metazoa. (2) Микроспоридии и Viridiplantae не имеют общего предка и принадлежат разным эволюционным линиям. (3) Diplomonadida - базальная ветвь по отношению к Metazoa и Fungi. (4) Микроспоридии наиболее близки к Diplomonadida.
Рис. 4 - Реконструкция филогенетического древа по ДНК-зависимой РНК-полимеразе. Fungi: Schizosaccharomyces pombe, Talaromyces marneffei; Parabasalia: Giardia intestinalis, Trepomonas sp.; Viridiplantae: Solanum lycopersicum, Liriodendron tulipifera; Archaea: Methanopyrus kandleri; Microsporidia:Encephalitozoon cuniculi.
ГТФазы:
- (1) Микроспоридии - базальная ветвь по отношению к Fungi, Viridiplantae, Metazoa. (2) Diplomonadida - базальная ветвь по отношению к микроспоридиям. (3) Микроспоридии наиболее близки к грибам и метазоем - базальная ветвь по отношению к Metazoa и Fungi. (4) Микроспоридии наиболее близки к Diplomonadida.
Рис. 5 - Реконструкция филогенетического древа по ГТФазе. Fungi: Puccinia graminis f. sp. Tritici; Parabasalia: Giardia intestinalis; Viridiplantae: Solanum lycopersicum, Liriodendron tulipifera; Archaea: Lokiarchaeum sp.; Microsporidia: Pseudoloma neurophili; Diplomonadida: Trichomonas vaginalis; Metazoa: Danio rerio, Homo sapiens; Heterolobosea: Naegleria gruberi, Entamoeba histolytica
TF-II:
- (1) Микроспоридии относятся к одному ответвлению с Fungi. (2) Parabasalia базальны по отношению к другим рассматриваемым таксонам. (3) Ветвь, включающая грибы и микроспоридии, отстоит далеко от ветви, включающей растения и метазои. (4) Parabasalia не являются сестринским таксоном, парафилетической группой, полифилетической группой, базальной группой по отношению с грибам и микроспоридиям.
Рис. 6 - Реконструкция филогенетического древа по TF-II. Fungi: Mucor ambiguous, Rhizopus microsporus; Parabasalia: Giardia intestinalis; Viridiplantae:Glycine max, Arabidopsis thaliana; Archaea: Pyrococcus woesei, Haloferax volcanii; Microsporidia: Encephalitozoon cuniculi; Metazoa: Danio rerio, Homo sapiens.
Похожие статьи
-
Установление родства с учетом структуры кристалла - Систематическое положение группы Microsporidia
(1) (2) Рис. 9 - Структура кристалла ef-1-alpha человека (2), где выделена предполагаемая консервативная последовательность (1). Окраска по вторичной...
-
Было высказано предположение, что некая последовательность из 10 нуклеотидов является характерной для грибов, метазоев и микроспоридий. Сначала...
-
Введение - Систематическое положение группы Microsporidia
В конце XX века в специализированной литературе можно было найти данную группу в составе паразитических протист неясного систематического положения (так...
-
За последние годы было разработано большое количество методологий и стандартов построения и описания различных уровней архитектуры организации, в том...
-
Шестой метод - построение суффиксных деревьев. Среди большого количества методов анализа текста метод аннотированного суффиксного дерева выделяется тем,...
-
Таким образом, с точки зрения описываемого метода, возможны два класса аномалий: - Аномалии, связанные с обнаружением недопустимых операций. - Аномалии,...
-
Описание метода - Автоматическое построение профилей нормального поведения веб-приложений
В основе метода лежит идея анализа связей между наборами параметров, поступающих в веб-приложение через HTTP-запросы, и операциями над объектами...
-
В данном разделе описывается предлагаемый метод обнаружения уязвимостей веб-приложений на основе контроля поведения веб-приложения. Применение метода Как...
-
Лучевые методы построения оптических эффектов - Моделирование эффектов
Для решения задач построения оптических эффектов: тени, отражения и преломления, - применяются методы прямой и обратной трассировки лучей. Отмечают...
-
Построение дерева - Деревья решений
Пусть нам задано некоторое множество T, содержащее объекты, каждый из которых характеризуется m атрибутами, причем один из них указывает на...
-
Для упрощения работы с трехмерной моделью на любом этапе проектирования и повышения ее наглядности в SolidWorks используется Дерево Построений (Feature...
-
Понятие KPI "Ключевые показатели эффективности (англ. Key Performance Indicators, KPI) -- показатели деятельности подразделения (предприятия), которые...
-
Исходя из контекста решаемой задачи, для сравнительного анализа рассмотренных математических моделей обнаружения аномалий можно выбрать следующие...
-
Основная программа Построение интерполяционного многочлена Нахождение максимума функции методом дихотомии Вычисление значения заданной функции Создание и...
-
Нейросетевой метод - Автоматическое построение профилей нормального поведения веб-приложений
Нейросетевой метод обнаружения аномалий рассматривается на примере экспериментальной системы обнаружения аномалий NNID (Neural Network Intrusion...
-
Метод цепей Маркова - Автоматическое построение профилей нормального поведения веб-приложений
Определение [26]: Маркова цепь - марковский процесс с дискретным временем, заданный в измеримом пространстве. Стохастический процесс в дискретные моменты...
-
В основе метода EWMA лежит экспоненциальное сглаживание первого порядка [20, 21]: (5.2.1) Где 0<л?1 - константа сглаживания. В роли начального...
-
В данном разделе приводятся описания четырех математических методов обнаружения аномалий. Далее проводится сравнительный анализ и выбирается один метод....
-
Формирование области многокритериального выбора вариантов Стоит задача о выборе марки автомобиля с их известными особенностями и характеристиками....
-
Кодирование по методу Хэмминга - Кодирование информации
Код Хэмминга - систематический код, то есть состоящий из информационных и корректирующих символов, расположенных по строго определенной системе, имеющих...
-
Обеспечение безопасности БД, Общие положения - Виды и возможности СУБД
Общие положения Термины безопасность и целостность в контексте обсуждения баз данных часто используется совместно, хотя на самом деле, это совершенно...
-
Неавтоматизированные методы - Распространение новостной информации
Нетнография Интернет - это глобальная сеть данных, которые используются, создаются, обмениваются миллионами людьми ежедневно. Люди общаются в социальных...
-
Методы архивации в WinRAR - Архивация информации и программы-архиваторы
Архиватор WinRAR предоставляет пользователю возможность выбора одного из шести возможных методов архивации. В таблице 10.2 приведено сравнение степени...
-
Геометрический метод, Двойственная задача - Линейное программирование
Применяется для задач с двумя переменными. Метод решения состоит в следующем: На плоскости строятся прямые, которые задают соответствующие ограничения:...
-
Описание деятельности ИТ-отдела компании в рамках разработки ключевых показателей эффективности является одной из важнейших частей процесса. Однако...
-
Описание бизнес-процессов бюджетирования в группе компаний нефтегазового сектора Одна из исследовательских задач данной работы состоит в том, чтобы...
-
Введение - Построение декодера Рида - Маллера
В последнее время передача данных является наиболее быстро развивающейся областью техники. И это не случайно. Всем известно выражение: "Кто владеет...
-
Функциональное назначение программы Основной функцией программы "AdressBook. exe" является ведение справочника. Имеется возможность добавлять и удалять...
-
UML - унифицированный язык моделирования, призванный упростить построение больших информационных систем. Состоит из диаграмм, связей и сущностей....
-
Заключение - Роль ключевых предложений в построении текста
Данная исследовательская работа посвящена вопросу использования ключевых предложений в решении проблемы автоматического реферирования текста. Первая...
-
Понятие автоматического реферирования текста - Роль ключевых предложений в построении текста
Реферирование является одним из основных способов анализа текстовой информации. Его конечным продуктом является реферат - "краткое изложение содержания...
-
Роль ключевых предложений в построении текста В первую очередь введем несколько базовых понятий рассматриваемой предметной области: текст, сложное...
-
Обзор калькуляторов для покера - Программа построения равновесных стратегий для игры
Как правило под покерным калькулятором подразумевают программу которая позволяет рассчитать математическое ожидание действия в заданной ситуации....
-
Эмуляция карт в Android основана на сервисах (класс Service). Преимуществом использования сервисов является отсутствие необходимости запускать...
-
Выбор интерфейса Пользовательский интерфейс представляет собой совокупность программных и аппаратных средств, обеспечивающих взаимодействие пользователя...
-
Метод представления знаний при проектировании модели - Искусственный интеллект
Предлагаемая модель ИИ основывается на когнитивных картах - некотором базовом знании о мире. Ключевые идеи, положенные в основу этой концепции, сходны с...
-
Обзор существующих методов представления знаний - Искусственный интеллект
Самой простой и очевидной моделью представления знаний является продукционная модель. Она основана на правилах вида "ЕСЛИ (условие), ТО (действие)"....
-
Для того чтобы открыть папку, достаточно сделать по ее изображению двойной щелчок левой клавишей мыши. Можно также воспользоваться строкой "Открыть" в...
-
Алгоритм для определения силы комбинации - Программа построения равновесных стратегий для игры
В играх типа Omaha для определения силы комбинации необходимо учитывать 9 карт: 4 стартовых карты игрока и 5 общих карт. По стандартным правилам покера...
-
Концептуализации - Экспертные системы, методика построения
На данном этапе проводится содержательный анализ проблемной области, выявляются используемые понятия и их взаимосвязи, определяются методы решения задач....
Установление родства методом построения филогенетических деревьев - Систематическое положение группы Microsporidia