Полиморфизм гена BoLA-DRB3 как перспективный селекционный маркер - Изучение биоразнообразия популяции крупного рогатого скота
Как было отмечено выше, ген BoLA-DRB3 обладает выраженным естественным полиморфизмом.
Локус считается полиморфным, если в популяции существуют два или более аллеля этого локуса. Однако, если один из аллелей имеет очень высокую частоту, скажем, 0,99 или больше, то высока вероятность того, что ни один другой аллель не будет присутствовать в выборке, взятой из популяции, если только эта выборка не будет очень большой. Таким образом, обычно локус определяется как полиморфный, если частота наиболее распространенного аллеля меньше 0,99. Такое деление носит весьма условный характер и в литературе можно найти другие критерии полиморфности.
Одним из наиболее простых способов измерения степени полиморфности в популяции, является подсчет среднего соотношения полиморфных локусов и путем деления их общего числа на суммарное число локусов в выборке. Однако такая мера в значительной степени зависит от числа изученных особей. Более точным показателем генетической вариабельности внутри популяции является средняя ожидаемая гетерозиготность или генное разнообразие. Эта величина может быть получена непосредственно из генных частот и в гораздо меньшей степени подвержена влиянию эффектов, связанных с ошибкой выборки. Генное разнообразие по данному локусу определяется следующим образом:
M
H = 1 - ? xi*, (1)
I=1
Где ? - сумма;
XI - частота аллеля;
I и m - общее число аллелей данного локуса.
Для любого локуса h является вероятностью того, что два аллеля, случайным образом выбранных в популяции, будут отличаться друг от друга. Среднее по всем h для каждого изученного локуса, H, может быть использовано как оценка степени генетической вариабельности внутри популяции.
Степени генетического разнообразия h и H широко использовались для данных, полученных при электрофоретическом анализе и анализе рестрикционных фрагментов. Однако, они не всегда могут быть подходящими для данных, полученных при исследовании последовательностей ДНК, так как степень разнообразия на уровне ДНК чрезвычайно велика. В особенности, когда рассматриваются длинные последовательности, вполне вероятно, что каждая будет отличаться от других последовательностей по одному или более нуклеотидам. Тогда как h, так и H будут близки к первому и, следовательно, не будут различаться между локусами или популяциями, будучи, таким образом, не информативными.
При работе с ДНК более приемлемым показателем полиморфизма в популяции является среднее число нуклеотидных замен на позицию между двумя случайно выбранными последовательностями. Эта оценка называется нуклеотидным разнообразием и обозначается п:
Пij = SUM (xi - xj - пij) (2)
Где x i и x j - частоты последовательностей i-го и j-го типов;
Пij - доля нуклеотидных различий между i-м и j-м типами последовательностей.
Основным полифморфным локусом гена BoLA-DRB3 является экзон два. Всего в состав гена входит шесть экзонов, кодирующих лидерную и концевую последовательности, гидрофобный трансмембранный участок, цитоплазматический и внеклеточный домены белка. Последний собственно выполнят антигенную функцию и является полиморфным. Методами рестрикционного анализа ДНК описано 54 аллеля гена, по результатама секвенирования - их более 100.
Известно, что в локальных регионах может доминировать узкое число аллелей. Так при исследовании выборки из 650 особей КРС Краснодарского края обнаружено преимущественно 6-7 ПДРФ-типов из более чем 50 возможных [Ковалюк, Сацук, Волченко, 2012]. В работе отечественных ученых проведена оценка генетического разнообразия полиморфизма BoLA-DRB3 в монгольской, калмыцкой и якутской пород крупного рогатого скота Bos taurus турано - монгольской группы [Polymorphism of the ..., 2010]. Авторами обнаружены 2 аллеля в породе монгольских, 5 в якутской и 34 аллеля в калмыцкой породах.
Результаты исследований полиморфизма BoLA-DRB3 имеют не только теоретическое, но и прикладное значение: ген может быть использован в качестве маркера уровня полиморфизма генома животного, а так же являться важным показателем для популяции в целом. Кроме того анализ микросателлитных локусов в составе экзонов BoLA-DRB3 применяется для установления отцовства быков. Результаты позволили исключить с вероятностью 0,99 неправильного отца [Usha, Simpson, Williams, 2009].
Похожие статьи
-
Выборка быков - производителей голштинской породы черно - пестрой масти включала 100 животных, рожденных в течение 23 лет в период с 1986 по 2009 год и...
-
Установлено, что локализация гена BoLA-DRB3 на 23 хромосоме в непосредственной близости от генов, детерминирующих хозяйственно-ценные признаки,...
-
ВВЕДЕНИЕ - Изучение биоразнообразия популяции крупного рогатого скота
Мировая тенденция индустриализации сельского хозяйства несет в себе множество рисков. Один из них - это сокращение национальных генетических ресурсов...
-
ЗАКЛЮЧЕНИЕ - Изучение биоразнообразия популяции крупного рогатого скота
По результатам исследования были сделаны следующие выводы: 1. В выборке из 100 быков принадлежащих к голштинской черно-пестрой породе, из 54 ПДРФ...
-
Если учитывать весь спектр получаемой от крупного рогатого скота продукции, то он, без сомнения, является одним из самых ценных животных, когда либо...
-
Характеристика частот встречаемости аллелей BoLA-DRB3 Полиморфность аллеля BoLA-DRB3 эволюционно возникла в связи с необходимостью вариабельного строения...
-
Проблема биоразнообразия доместицированных животных Формирование вида (как единицы естественного отбора), в ходе эво-люции занимало значительные...
-
Ген BoLA-DRB3: структура, функции - Изучение биоразнообразия популяции крупного рогатого скота
На молекулярно-биологическом уровне трансляция BoLA-DRB3 обеспечивает синтез белкового антигена, расположенного на внешней стороне мембраны В-лимфоцитов...
-
Большинство разновидностей генов имеет довольно консервативный характер. Однако, существует несколько групп генов, в которых эволюционно закрепился...
-
Амплификация фрагмента гена BoLA-DRB3 методом ПЦР Для последующего анализа методом гнездовой ПЦР амплифицировали участок экзона два гена BoLA-DRB3...
-
В современной сельскохозяйственной биотехнологии все большее значение приобретают молекулярно-биологические методы, позволяющие тонко регулировать...
-
Молекулярный вес продуктов ПЦР и их фрагментов, полученных после рестрикции, определяли с помощью электрофореза в агарозном (1,5-2,5 процентном) геле, с...
-
Материал исследования Исследование проводилось в 2014 году в период с 17.06.14 по 27.07.14 и с 02.09.14 по 12.10.14. В лаборатории биотехнологии...
-
Биологические особенности животных Молодняк крупного рогатого скота по своим особенностям отличается от взрослых особей. При рождении у теленка уже есть...
-
Выворот матки - это осложнение родов, происходит частичное выпячивание рогов матки. Выпадение матки - это полный выворот матки и выпадение ее наружу....
-
Определение заболевания, морфология и биология возбудителя - Гиподерматоз крупного рогатого скота
Гиподерматоз - хронически протекающая болезнь крупного рогатого скота, вызываемая паразитированием личинок подкожных оводов рода Hypoderma. Она...
-
Инфекционный ринотрахеит герпесвирус опизоотический Инфекционный ринотрахеит (лат. -- Rhinotracheitis infectiosa bovum; англ. -- Infectious bovine...
-
Генетика крупного рогатого скота - Методы оценки молочной продуктивности крупного рогатого скота
Современная генетика располагает точными фактами об изменчивости и наследственности различных признаков. Выявлены закономерности наследования многих...
-
Телят в возрасте 3-4 месяцев в групповые станки подбирают по возможности одного возраста и пола, с одинаковой живой массой. Содержат телят по 10-20 голов...
-
Проектирование, строительство, реконструкция животноводческих предприятий осуществляются в соответствии с НТП и СниП. Все животноводческие фермы строятся...
-
Для того чтобы предупредить ряд послеродовых патологий коров необходимо правильное осеменение; соблюдение правильного содержания и кормление беременных...
-
Человек, вытесняя естественные биогеоценозы и закладывая агробиогеоценозы, своими прямыми и косвенными воздействиями нарушает устойчивость всей биосферы....
-
Гиподерматоз необходимо дифференцировать от фурункулеза, при котором в центре созревшего фурункула возвышается небольшой флюктуирующий гнойничок,...
-
Патогенез и клиническая картина - Гиподерматоз крупного рогатого скота
Патогенез. Личинки подкожных оводов оказывают на организм крупного рогатого скота механическое и общее токсическое действие, разрушают кожу и другие...
-
Определение сущности заболевания Туберкулез (лат., англ. -- Tuberculosis) -- тяжелая хроническая болезнь животных многих видов и человека,...
-
1. Кахексия трупа. 2. Туберкула величиной с мелкий грецкий орех в области тупого края средней доли левого легкого. 3. Равномерные высыпания милиарных и...
-
1)Приготовление и раздача кормов. Приготовление кормов производится в отдельных помещениях, раздача кормов производится вручную с помощью универсальной...
-
Помесный симментальский скот - Методы оценки молочной продуктивности крупного рогатого скота
Симментальский скот был широко использован для скрещивания с местным скотом на очень большой территории РФ, в результате чего в стране насчитывается...
-
Основные генетические параметры популяций (изменчивость, наследуемость, корреляция) подвержены изменениям под влиянием применяемых в стадах систем отбора...
-
В ООО "Сибирская Нива" производится целенаправленная планомерная работа, согласно плана, утвержденного решением главы Администрации Новосибирской...
-
Воспроизводительная способность животных относится к важнейшим признакам, в значительной степени определяющим экономическую эффективность отрасли....
-
Синцитиальный метод при ранней идентификации вируса лейкоза крупного рогатого скота
Лейкоз крупного рогатого скота - злокачественное вирусное лимфопролиферативное заболевание. Ретровирус, относящийся к семейству Retroviridae, роду...
-
Таблица 3. Патологоанатомические изменения, выявленные при ветеринарно-санитарной экспертизе туш, вынуждено убитых коров (нетелей) мясных пород N°...
-
Профилактика - Псороптоз крупного и мелкого рогатого скота
Помещения, где находились больные овцы, а также оборудование, предметы ухода подвергают дезакаризации, 0, 05%-ной в. э. неоцидола (диазинон). 5%-ной в....
-
Патологоанатомические изменения, Диагностика, Лечение - Псороптоз крупного и мелкого рогатого скота
При генерализованной форме (при поражении 50% и более кожного покрова) развиваются гипоксия и токсемия, сопровождающиеся эозинофилией, эндартериитами,...
-
Приготовление кормов. На современных животноводческих предприятиях для подготовки кормов строят специальные цехи. На комплексах их обязательно размещают...
-
1. При больших грыжевых воротах, а также при сращении грыжевого содержимого с грыжевым мешком применяют следующий способ. Делают продольный...
-
К основным параметрам, влияющим на физиологическое состояние животных, относят температуру, влажность, газовый состав атмосферы, освещенность, уровень...
-
Клинические симптомы, как правило, неспецифичны и зависят от степени поражения внутренних органов и степени распространения возбудителя в организме...
-
Диагноз (нозологический) на туберкулез был поставлен комплексно, на основании результатов патологоанатомического исследования трупа павшего животного, с...
Полиморфизм гена BoLA-DRB3 как перспективный селекционный маркер - Изучение биоразнообразия популяции крупного рогатого скота