Значение в генетике растений - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

Геномы растений очень разнообразны по размерам, что связано с различиями в числе хромосом, плоидностью и наличием протяженных межгенных повторяющихся последовательностей. Эти особенности структурной организации хромосом растений существенно затрудняют состыковку секвенированных фрагментов ДНК в последовательно расположенные блоки (контиги) при построении полных физических карт хромосом. Однако установлено, что у таксономически близких видов растений наблюдается высокая степень консерватизма в составе генов, их линейном расположении и ориентации в хромосомах. Поэтому сравнив вновь полученные сегменты геномов с гомологичными сегментами какого-либо стандартного секвенированного генома (например, Arabidopsis thaliana) можно получить информацию о структурно-функциональной организации геномов.

Информацию о характере функционирования генома можно получить с помощью анализа баз данных кДНК и EST (частично секвенированных последовательностей кДНК) Получение EST и кДНК осуществляется на основе мРНК. В качестве источника мРНК используются разные части растений или культуры клеток. Анализируют функции генов растений, выращенных в определенных условиях (при воздействии стрессовых факторов, высоких и низких температур, разных условий освещения) или растений, находящихся на определенных стадиях развития. Поэтому, при наличии представительных баз данных по частоте встречаемости EST, соответствующих одному и тому же гену, можно судить о специфичности генной экспрессии. Сравнение баз данных EST разных видов растений позволяет выявлять гены, контролирующие особенности метаболизма, как общие, так и специфические для разных видов. Например, по данным 2007 года база Sputnik (http://mips. gsf. de/proj/sputnik/) содержит сведения о 4 млн. EST из 65 видов растений.

Похожие статьи

• Методы, Распознавание образов, Data minig (добыча данных) - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

  Распознавание образов Распознавание образов - это отнесение исходных данных к определенному классу с помощью выделения существенных признаков,...

• Биоинформационный анализ, применение в селекции, Геномика - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

  Геномика Предметом геномики является развитие и применение методов молекулярной картографии и секвенирования, а также методов описания, расшифровки и...

• Биоинформационные данные, Обработка и сохранение, Базы данных - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

  Обработка и сохранение Последовательность ДНК хранится и обрабатывается в компьютере в виде ряда 8-битовых слов в двоичном формате. Белковая...

• Биоинформационные проекты - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

  1-обследуют несколько экземпляров растений с имеющимся признаком, чтобы узнать, с какими другими признаками он связан (порядок определения нуклеотидов)...

• Что такое биоинформатика, Особенности биоинформационных данных - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

  Совокупность методов и подходов, включающих в себя: Ш математические методы компьютерного анализа в сравнительной геномике (геномная биоинформатика). Ш...

• Цели биоинформатики, Задачи биоинформатики, Основное ПО - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

  Ш организовать данные таким образом, чтобы исследователи имели доступ к текущей информации, хранящейся в базах данных, и могли вносить в нее новые...

• Введение - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

  Генетика биоинформатика растение Главное значение биоинформатики - способствовать пониманию биологических процессов. Отличие биоинформатики от других...

• Биологические последовательности, Выравнивание биологических последовательностей, Точечная матрица сходства - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

  Выравнивание биологических последовательностей Выравниванием (alignment) последовательностей азотистых оснований в нуклеиновых кислотах или аминокислот в...

• Значение основных элементов питания в жизни растений - Почвоведение как наука

  Для правильного и спокойного роста растений и их развития из семян и до зрелости необходимо 16 различных элементов. Три из этих элементов - углерод,...

• Этапы микроклонального размножения растений - Клональное размножение и оздоровление растений

  Процесс клонального микроразмножения можно разделить на 4 этапа: 1. Выбор растения-донора, изолирование эксплантов и получение хорошо растущей стерильной...

• Создание объемной модели рельефа территории, ПОДГОТОВКА ИСХОДНЫХ ДАННЫХ ДЛЯ СОЗДАНИЯ ЦМР., ПОСТРОЕНИЕ ОБЪЕМНОЙ МОДЕЛИ РЕЛЬЕФА - Разработка комплексного геоинформационного проекта для оценки состояния земельных ресурсов на территории города Новосибирска

  Наиболее удобной и естественной для восприятия человека формой отображения информации является ее объемное представление. Для ее создания использован...

• Методы клонального микроразмножения - Клональное размножение и оздоровление растений

  Существует много методов клонального микроразмножения, а также различных их классификаций. Согласно одной из них, предложенной Мурасиге в 1977 году,...

• Токсикология нитратов и нитритов (источники отравления, условия, способствующие накоплению нитратов в растениях, патогенез, клиника, диагностика, лечение и профилактика) - Ветеринарная токсикология

  Значительное увеличение производства и применения минеральных удобрений, особенно азотных (аммиачной, натриевой и калиевой селитр, мочевины, аммиака), с...

• Обоснование рационального состава посевного машинно-тракторного агрегата, Установление исходных данных для расчета, Определяем зависимость удельного тягового сопротивления - Проект организации возделывания зерновых культур в КООПХОЗ "Сергеевский"

  Установление исходных данных для расчета Марка трактора - Т-150К; Технологическая операция - посев по ресурсосберегающей технологии; Марка СХМ - посевной...

• Организационно-технологическая часть проекта, Исходные данные, агротребования на выполнение технологического процесса - Составление плана механизированных работ на период для подразделения хозяйства СПК "Анохинский"

  Исходные данные, агротребования на выполнение технологического процесса Агрегат Т-150-К+ЛДГ-15 диапазон рабочих скоростей 8...12 км/ч. Выбираем...

• Введение - Клональное размножение и оздоровление растений

  Ускорение и облегчение селекционного процесса, а также создание растений с новыми качествами - это направления, которые достаточно успешно развиваются с...

• Роль основных элементов питания (N, P, K) в жизни растений и их поведение в почве - Влияние почвенного плодородия на продуктивность лесообразующих пород

  Для нормального роста и развития растений необходимы различные элементы питания. По современным данным, таких элементов порядка 20, без которых растения...

• Землеустроительная наука, Предмет исследования ЗУ науки, Основные этапы развития землеустроительной науки - Землеустройство в Российской Федерации

  Предмет исследования ЗУ науки Предмет землеустроительной науки заключается в изучении закономерностей организации использования и охраны земель....

• Основные машины и оборудование, применяемые в ПТЛ - Проект комплекса по производству молока с разработкой технологической линии удаления и утилизации навоза

  Классификация навозоуборочных средств. Представленная на рис. 4 классификация включает механическую и гидравлическую системы средств механизации для...

• Основные признаки качества зерна, учитываемые при заготовках, и их практическое значение, расчеты за зерно с учетом качества - Принципы растениеводства

  Предприятия, занимающиеся заготовкой и хранением зерновых ресурсов, принимают от хлебосдатчиков партии зерна. Каждую партию зерна вместе с примесями...

• МЕТОДЫ ОТБОРА И ОЦЕНКИ СЕЛЕКЦИОННОГО МАТЕРИАЛА, Отбор и оценка селекционного материала - Биологические критерии селекции озимой мягкой пшеницы сухостепного агроэкотипа

  Отбор и оценка селекционного материала Урожай зерна с единицы площади посева, наряду с продуктивностью зерна растения, находится в тесной зависимости от...

• Оздоровление посадочного материала от вирусов методами химиотерапии и термотерапии - Клональное размножение и оздоровление растений

  Основное преимущество клонального микроразмножения - получение генетически однородного, безвирусного посадочного материала. Предположение о возможности...

• Качество растений, размножаемых in vitro - Анализ проблемы укоренения сортов земляники садовой ex vitro

  Существует много причин, по которым растения, размножаемые методом культуры тканей, не всегда аналогичны исходным. Их можно отнести к двум категориям: 1....

• Этап адаптации ex vitro, Депонирование in vitro - Анализ проблемы укоренения сортов земляники садовой ex vitro

  После перенесения укорененной микророзетки из пробирки в субстрат необходимо создать условия для адаптации растений. Адаптация регенерантов земляники...

• Этап размножения in vitro, Этап укоренения in vitro - Анализ проблемы укоренения сортов земляники садовой ex vitro

  Обычно состоит из нескольких пассажей. После того, как образуется конгломерат растеньиц, он разделяется на одиночные микророзетки и они помещаются на...

• Бактериофаги, их значение и основные свойства - Ветеринарная вирусология

  Бактериофаги (от. Лат. Bacteriophaga) - разрушающий бактерии. Это вирусы, обладающие способностью проникать в бактериальные клетки репродуцироваться в...

• Эпизоотологические данные по эшерихиозу поросят в Краснодарском крае - Эпизоотическая ситуация по колибактериозу поросят в Краснодарском крае

  Год Инцидентность, на 100 тыс. гол Смертность, на 100 тыс. гол Летальность, % Очаговость, гол/очаг 1990 110,8 30,7 27,7 259,8 1991 81,2 30,6 37,7 130,8...

• ПРОЕКТ РАЗМЕЩЕНИЯ ПРОИЗВОДСТВЕННЫХ ЦЕНТРОВ И ХОЗЯЙСТВЕННЫХ ОБЪЕКТОВ, Разработка задания на составление проекта внутрихозяйственного землеустройства - Проект внутрихозяйственного землеустройства крестьянского (фермерского) хозяйства "Росток" (Троицкий сельсовет Чистоозерного района)

  Разработка задания на составление проекта внутрихозяйственного землеустройства Любая отрасль народного хозяйства, каждое предприятие, организация или...

• ПОДГОТОВКА ДАННЫХ ДЛЯ ВЫНОСА ПРОЕКТА ЗЕМЛЕУСТРОЙСТВА НА МЕСТНОСТЬ - Проект внутрихозяйственного землеустройства крестьянского (фермерского) хозяйства "Росток" (Троицкий сельсовет Чистоозерного района)

  Вынос в натуру может быть выполнен следующими способами: прямая угловая засечка, обратная засечка, комбинированная засечка, линейная засечка, полярный...

• Факторы, влияющие на процесс клонального микроразмножения - Клональное размножение и оздоровление растений

  На эффективность микроклонального размножения влияет масса факторов различной природы. Это физиологические особенности вводимого в культуру растения,...

• Селекция панцерных и засухоустойчевых сортов подсолнечника - Проблемы выращивания кормового белка. Селекция сортов подсолнечника и биологические свойства почвы

  Селекция подсолнечника ведется на значительное число признаков (более чем по 30 признакам). Конечная цель обеспечивающих высокие сборы масла с гектара. В...

• Технико-экономическое обоснование проекта, Основные технико-экономические показатели., Заключение - Проект планировки и застройки сельского населенного пункта

  Основные технико-экономические показатели. Исходными данными к проекту планировки и застройки населенного пункта является задание на проектирование, в...

• ТЕХНОЛОГИЧЕСКАЯ ЧАСТЬ, Исходные данные и агротехнические требования по выполнению технологической операции на посадку картофеля - Планирование производственных процессов и определение состава машинно-тракторного парка на весенний период в ООО "Север+" с разработкой операционной технологии на внесение удобрений

  Технологические операции следует проводить в определенном порядке позволяющем заданным условиях выбирать наилучший режим движения агрегата (рабочую...

• Селекционная инвентаризация насаждений - Лесная селекция

  Площадь отобранных насаждений должна составлять 20 30 % от всей площади насаждений, подвергшихся инвентаризации. Таблица 1 Ведомость плюсовых насаждений...

• Введение - Оценка экономической эффективности проекта внутрихозяйственного землеустройства

  Основными задачами землеустройства является создание оптимальных организационно-территориальных условий для различных форм хозяйствования. Это, в свою...

• Организация производства лесокультурных работ - Проект искусственного лесовосстановления

  Научная организация труда на лесокультурных работах имеет целью повышение эффективности производства путем рационального использования имеющихся у...

• Вывод по главе и постановка основной задачи проекта, Определение оптимальных параметров МТА для прямого посева сельскохозяйственных культур - Проект организации возделывания зерновых культур в КООПХОЗ "Сергеевский"

  На основе анализа информации, приведенной в 1 главе пояснительной записки можно сделать следующие выводы: - все основные показатели деятельности...

• Объекты изучения агрохимии, Основные методы агрохимии - Предмет и методы агрохимии

  Рисунок 3 Объекты изучения агрохимии Диалектическую взаимосвязь комплекса этих задач необходимо учитывать при разработке программы исследований, приемов...

• Обоснование разработанных типов культур - Проект искусственного лесовосстановления

  В лесокультурной практике приходится иметь дело с комплексом сложных природных факторов (климат, почва, биологические особенности различных пород и т....

• Защитные возможности растений - Сельская агрометеорология

  В неблагоприятных природных условиях устойчивость и продуктивность растений определяются рядом признаков, свойств и защитно-приспособительных реакций....

Значение в генетике растений - Биоинформатика в селекции растений: типы баз данных, основные этапы биоинформатического проекта

Предыдущая | Следующая