Методы статистической обработки результатов - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Статистическая обработка результатов исследования проводилась с помощью пакета статистических программ "Statistica 6.0". Различие двух сравниваемых величин считалось статистически значимым с надежностью р > 0,95, если вероятность их тождества оказывалась меньше 5%.

Соответствие распределения частот аллелей и генотипов по исследованным генам равновесию Харди-Вайнберга проверяли по критерию 2 [17]:

2= ?( NФ - NТ )2/ NФ,

Где Nт - теоретически ожидаемая численность генотипов

Nф - фактическая численность генотипов

K= m(m-1)/2, где m - число аллелей

Для сравнения частот аллелей у больных с контролем и с популяционной выборкой проводили попарное сравнение выборок.

2= N1N2(p1-p2)2/NP(1-p) ,

Где p =(p1N1+p2N2)/N - средневзвешенная частота аллеля,

И N1 и N2 - численность аллелей в сравниваемых выборках,

Р1 и р2 - частоты аллелей в этих же выборках.

В исследуемых группах для полиморфных вариантов вычисляли отношение шансов (OR) и доверительные интервалы (Cl) для отношения шансов (95% Cl).

Частоты гаплотипов определялись с помощью EM-алгоритма. LD между парами SNPs оценивалось с помощью коэффициента D', предложенного Левонтином и коэффициента корреляции r2 Пирсона.

Коэффициент D' Левонтина рассчитывают по формуле:

D' = D / |D|max [1; -1],

Где DIj = hIj - pIQJ - коэффициент неравновесия, hIj - оценка частоты гаметы АIВJ в популяции, pI И qJ - оценки частот аллелей АI И ВJ соответственно.

Коэффициент корреляции r2 Пирсона рассчитывают по формуле:

R2 = D2 / pIQIPJQJ

Похожие статьи




Методы статистической обработки результатов - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Предыдущая | Следующая