Анализ распределения частот генотипов и аллелей tagSNPs генов LEP и ACVR2A в изученных популяционных выборках - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Распределение частот аллелей и генотипов, а также соответствие распределения генотипов равновесию Харди-Вайнберга, полученные в данном исследовании, представлены в таблице 3. Как видно распределение частот генотипов в контрольных выборках соответствовало равновесию Харди-Вайнберга, за исключением распределения частот генотипов по rs2278815 (LEP) в популяции якутов, возможными причинами отклонения от равновесия Харди-Вайнберга могут быть сцепление этого SNP с функционально значимым полиморфизмом гена LEP, или демографические процессы в популяции (эффект основателя, дрейф генов и др.).

Таблица 5 - Распределение частот генотипов и аллелей по исследованным полиморфизмам генов LEP и ACVR2A в изученных популяциях

Исследуемые полиморфизмы (гены)

Исследуемые популяции

Якуты

Русские

Гестоз N=219

Контроль N=130

OR (95% доверительный интервал)

Уровень значимости р для критерия с поправкой Йейтса,*

Гестоз N=157

Контроль N=160

OR (95% доверительный интервал)

Уровень значимости р для критерия ч^2 с поправкой Йейтса,*

Rs 2167270 (LEP)

Частоты генотипов, %

AA

4,2

10,8

OR= 0,99

Cl: 0,64 - 1,54

Ч2=6,95

Р=0,03

16,8

8,8

OR= 0,86

Cl: 0,62 - 1,18

Ч2=5,56

P=0,06

AG

36,6

28,5

37,4

35,6

GG

59,3

60,8

45,8

55,6

Частота аллеля, %

A

22,5

25,5

Ч2=0,59

Р=0,44

35,5

26,6

Ч2=5,86

P=0,02

Р**

Ч2=0,32

Р=0,57

Ч2=0,0

Р=1,0

Ч2=2,35

Р=0,13

Ч2=0,62

Р=0,43

Rs 2278815 (LEP)

Частоты генотипов, %

AA

44,1

55,7

OR= 1,34

Cl: 0,95 - 1,88

Ч2=4,54

P=0,1

29,2

28,8

OR=1,02

Cl: 0,75 - 1,40

Ч2=0,15

P=0,93

AG

40,8

30,3

46,1

48,1

GG

15,0

13,9

24,7

23,1

Частота аллеля, %

G

35,4

29,1

Ч2=2,82

P=0,09

47,7

47,2

Ч2=0,02

P=0,89

Р**

Ч2=1,10

P=0,29

Ч2=4,13

Р=0,04

Ч2=0,47

P=0,49

Ч2=0,08

P=0,78

Rs 11763517 (LEP)

Частоты генотипов, %

СС

4,0

2,4

OR= 0,99

Cl: 0,64 - 1,54

Ч2=0,94

P=0,62

26,2

17,0

OR= 0,86

Cl: 0,62 - 1,18

Ч2=5,02

P=0,08

СТ

22,9

26,0

40,7

51,6

TT

73,1

71,7

33,1

31,4

Частота аллеля, %

T

84,6

84,6

Ч2=0

P=0,98

53,4

57,2

Ч2=0,88

P=0,35

Р**

Ч2=1,09

P=0,3

Ч2=0

P=1

Ч2=2,55

P=0,11

Ч2=0,21

P=0,56

Rs 2071045 (LEP)

Частоты генотипов, %

СС

41,7

33,3

OR=0,83

Cl: 0,60 - 1,14

Ч2=2,48

P=0,29

2,0

5,2

OR=1,21

Cl: 0,82 - 1,79

Ч2=2,30

P=0,32

CT

42,6

50,4

35,1

35,1

TT

15,7

16,3

62,9

59,7

Частота аллеля, %

T

37,0

41,5

Ч2=1,33

P=0,25

80,5

77,3

Ч2=0,93

P=0,33

Р**

Ч2=0,71

P=0,4

Ч2=0,07

P=0,8

Ч2=1,41

P=0,24

Ч2=0

P=1

Rs 3828942 (LEP)

Частоты генотипов, %

AA

57,1

56,3

OR=1,03

Cl: 0,71 - 1,49

Ч2=0,98

P=0,61

27,0

21,4

OR=0,68

Cl: 1,08 - 2,03

Ч2=8,88

P=0,01

AG

38,7

41,4

58,6

50,3

GG

4,2

2,3

14,5

28,3

Частота аллеля, %

G

23,6

23,0

Ч2=0,03

P=0,87

43,8

53,5

Ч2=5,86

P=0,02

Р**

Ч2=0,69

P=0,41

Ч2=2,36

P=0,12

Ч2=,712

P=0,1

Ч2=0

P=0,96

Rs 1014064 (ACVR2A)

Частоты генотипов, %

AA

39,4

36,2

OR=0,87

Cl: 0,63 - 1,20

Ч2=0,92

P=0,63

37,7

45,0

OR=1,27

Cl: 0.91 - 1,77

Ч2=1,85

P=0,4

AG

49,1

48,8

45,0

41,6

GG

11,5

15,0

17,2

13,4

Частота аллеля, %

G

36,1

39,4

Ч2=0,73

P=0,39

39,7

34,2

Ч2=1,95

P=0,16

Р**

Ч2=0,4

P=0,53

Ч2=0,04

P=0,84

Ч2=0,23

P=0,63

Ч2=0

P=1

Rs 17742342 (ACVR2A)

Частоты генотипов, %

AA

92,1

89,2

OR=0,72

Cl: 0,35 - 1,49

Ч2=0,84

P=0,66

66,0

75,0

OR=1,50

Cl: 0,96 - 2,33

Ч2=4,58

P=0,1

AC

7,9

10,8

32,7

25,0

CC

0

0

1,3

0

Частота аллеля, %

C

3,9

5,4

Ч2=0,80

P=0,37

17,6

12,5

Ч2=3,25

P=0,07

Р**

Ч2=0,03

P=0,53

Ч2=0,03

P=0,86

Ч2=1,70

P=0,19

Ч2=3,37

P=0,48

Rs 2161984 (ACVR2A)

Частоты генотипов, %

AA

11,6

14,3

OR= 0,84

Cl: 0,61 - 1,16

Ч2=1,14

P=0,57

15,3

12,8

OR= 1,18

Cl: 0,84 - 1,65

Ч2=0,88

P=0,64

AG

46,5

49,2

44,0

41,6

GG

41,9

36,5

40,7

45,6

Частота аллеля, %

A

34,9

61,1

Ч2=1,10

P=0,29

37,3

33,6

Ч2=0,93

P=0,33

Р**

Ч2=0,05

P=0,83

Ч2=0,07

P=0,79

Ч2=0,24

P=0,62

Ч2=0,27

P=0,61

Rs 10497025 (ACVR2A)

Частоты генотипов, %

CC

85,9

85,2

OR= 1,06

Cl: 0,59 - 1,90

Ч2=1,31

P=0,52

51,3

57,2

OR=1,25

Cl: 0,87 - 1,78

Ч2=1,35

P=0,51

CG

11,7

13,9

38,7

35,5

GG

2,3

0,8

10,0

7,2

Частота аллеля, %

G

8,2

7,8

Ч2=0,04

P=0,84

29,3

25,0

Ч2=1,43

P=0,23

Р**

Ч2=3,57

P=0,06

Ч2=0,02

P=0,88

Ч2=0,30

Р=0,58

Ч2=0,13

Р=0,72

Примечание: N - количество индивидов в группе. * - значение критерия 2 С поправкой Йейтса и уровень значимости р получены при сравнении частот аллелей или генотипов контрольной группы и группы больных гестозом. ** - соответствие распределению Харди-Вайнберга. Жирным шрифтом выделены статистически значимые различия (р<0,05).

При сравнительном анализе частот аллелей и генотипов по изученным полиморфизмам генов LEP и ACVR2A между больными гестозом и контрольной группы были установлены статистически значимые отличия в популяции русских по SNP rs3828942 (LEP) . В контрольной группе отмечалось повышение частоты генотипа GG(OR=0,43; Cl: 0,24-0,76) и аллеля G (OR=0,68; Cl: 1,08 - 2,03) по сравнению с этими показателями у пациенток с гестозом (рис. 16). Таким образом, можно сделать вывод, что аллель G, и генотип GG имеют протективный эффект. Интересным является тот факт, что аллель G является предковым. Также была обнаружена тенденция к ассоциации с гестозом полиморфизма rs2167270 гена LEP: было установлено статистически значимое повышение частоты аллелля A (OR=2,10; Cl: 1,05 - 4,20) в группе больных, по сравнению с контрольной группой и тенденция к ассоциации с генотипом АА (ч2=5,56; p=0,06 ) (рис. 17).

При сравнении исследованных групп в популяция якутов по всем полиморфизмам генов LEP и ACVR2A значимых отличий между группой больных и контрольной выборкой не найдено.

распределение частот аллелей и генотипов rs3828942 (lep) у больных гестозом и в контрольной группе в популяции руских

Рисунок 16 - Распределение частот аллелей и генотипов rs3828942 (LEP) у больных гестозом и в контрольной группе в популяции руских.

Примечание: * отмечены статистически значимые отличия

распределение частот аллелей и генотипов rs2167270 (lep) у больных гестозом и в контрольной группе в популяции руских

Рисунок 17 - Распределение частот аллелей и генотипов rs2167270 (LEP) у больных гестозом и в контрольной группе в популяции руских.

Примечание: * отмечены статистически значимые отличия, --> отмечены тенденции к ассоциации

В настоящее время ведутся активные исследования различных генов-кандидатов гестоза, а так же полиморфных вариантов генов, влияющих на развитие сопутсвующих гестозу осложнений, в том числе и изученных в данной работе полиморфных вариантов генов LEP и ACVR2A. Например, учеными из Шри-Ланки была установлена ассоциация между артериальной гипертензией, развивающейся на фоне преэклампсии и носительством генотипа АА по полиморфизму -2548G/A [134]. Учеными из Чехии проводилось исследование на наличие связи между развитием гестационного сахарного диабета и тем же полиморфизмом, в ходе которого подтвердилось предположение о возможной ассоциации[138]. В то же время, другая работа чешских исследователей не показывает наличия связи между носительством мутантного генотипа по тому же полиморфизму и развитием преэклампсии [75]. Исследование немецких ученых продемонстрировало отсутствие связи между гипертензивными растройствами при преэклапсии и микросателлитными полиморфизмами (TTTC) в гене LEP [142].К аналогичным выводам пришли и ученые из семмельвейского университета (Венгрия, г. Будапешт)[ 117].

Учеными из г. Хельсинки в 2011 году было проведено и сследование ассоциации Rs1424954 гена ACVR2A cриском развития преэклампсии у женщин из финляндии. В ходе исследования не удалось выявить предпологаемую ассоциацию, что авторы объяснили наличием большого колличества SNPs в данном гене, и необходимостью более детальных иследований[107]. Группой ученых из Австралии, изучавшими ассоциацию с преэклампсией полиморфизмов rs13430086, rs10497025, LF004, LF013 и LF020 гена рецептора активина 2 типа А, также не было получено статистических данных в пользу данной ассоциации [88]. Норвежскими учеными в 2009 году была проведена масштабная работа (общий объем выборки составил 65 000 жителей Норвегии) по анализу ассоциаций SNPs rs1014064, rs17742134, rs1424941, rs2161983, rs3768687 и rs3764955 гена ACVR2A. Итогом работы стало установление ассоциации между риском развития преэклампсии и носительством мутантных аллелей rs1424941, rs1014064, rs2161983 и rs3768687[128].

Таким образом помимо GWLS, зарубежными авторами была показана ассоциация некоторых полиморфизмов гена ACVR2A с риском развития преэклампсии, а так же были установлены статистически значимые отличия между контрольными выборками и группами пациенток с осложнениями беременности по некоторым SNPs гена LEP, что еще раз подтверждает необходимость дальнейших исследований этих генов, в качестве кандидатных при различных нарушениях беременности.

Похожие статьи




Анализ распределения частот генотипов и аллелей tagSNPs генов LEP и ACVR2A в изученных популяционных выборках - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов

Предыдущая | Следующая