Анализ распределения частот генотипов и аллелей tagSNPs генов LEP и ACVR2A в изученных популяционных выборках - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов
Распределение частот аллелей и генотипов, а также соответствие распределения генотипов равновесию Харди-Вайнберга, полученные в данном исследовании, представлены в таблице 3. Как видно распределение частот генотипов в контрольных выборках соответствовало равновесию Харди-Вайнберга, за исключением распределения частот генотипов по rs2278815 (LEP) в популяции якутов, возможными причинами отклонения от равновесия Харди-Вайнберга могут быть сцепление этого SNP с функционально значимым полиморфизмом гена LEP, или демографические процессы в популяции (эффект основателя, дрейф генов и др.).
Таблица 5 - Распределение частот генотипов и аллелей по исследованным полиморфизмам генов LEP и ACVR2A в изученных популяциях
Исследуемые полиморфизмы (гены) |
Исследуемые популяции | |||||||||
Якуты |
Русские | |||||||||
Гестоз N=219 |
Контроль N=130 |
OR (95% доверительный интервал) |
Уровень значимости р для критерия с поправкой Йейтса,* |
Гестоз N=157 |
Контроль N=160 |
OR (95% доверительный интервал) |
Уровень значимости р для критерия ч^2 с поправкой Йейтса,* | |||
Rs 2167270 (LEP) |
Частоты генотипов, % |
AA |
4,2 |
10,8 |
OR= 0,99 Cl: 0,64 - 1,54 |
Ч2=6,95 Р=0,03 |
16,8 |
8,8 |
OR= 0,86 Cl: 0,62 - 1,18 |
Ч2=5,56 P=0,06 |
AG |
36,6 |
28,5 |
37,4 |
35,6 | ||||||
GG |
59,3 |
60,8 |
45,8 |
55,6 | ||||||
Частота аллеля, % |
A |
22,5 |
25,5 |
Ч2=0,59 Р=0,44 |
35,5 |
26,6 |
Ч2=5,86 P=0,02 | |||
Р** |
Ч2=0,32 Р=0,57 |
Ч2=0,0 Р=1,0 |
Ч2=2,35 Р=0,13 |
Ч2=0,62 Р=0,43 | ||||||
Rs 2278815 (LEP) |
Частоты генотипов, % |
AA |
44,1 |
55,7 |
OR= 1,34 Cl: 0,95 - 1,88 |
Ч2=4,54 P=0,1 |
29,2 |
28,8 |
OR=1,02 Cl: 0,75 - 1,40 |
Ч2=0,15 P=0,93 |
AG |
40,8 |
30,3 |
46,1 |
48,1 | ||||||
GG |
15,0 |
13,9 |
24,7 |
23,1 | ||||||
Частота аллеля, % |
G |
35,4 |
29,1 |
Ч2=2,82 P=0,09 |
47,7 |
47,2 |
Ч2=0,02 P=0,89 | |||
Р** |
Ч2=1,10 P=0,29 |
Ч2=4,13 Р=0,04 |
Ч2=0,47 P=0,49 |
Ч2=0,08 P=0,78 | ||||||
Rs 11763517 (LEP) |
Частоты генотипов, % |
СС |
4,0 |
2,4 |
OR= 0,99 Cl: 0,64 - 1,54 |
Ч2=0,94 P=0,62 |
26,2 |
17,0 |
OR= 0,86 Cl: 0,62 - 1,18 |
Ч2=5,02 P=0,08 |
СТ |
22,9 |
26,0 |
40,7 |
51,6 | ||||||
TT |
73,1 |
71,7 |
33,1 |
31,4 | ||||||
Частота аллеля, % |
T |
84,6 |
84,6 |
Ч2=0 P=0,98 |
53,4 |
57,2 |
Ч2=0,88 P=0,35 | |||
Р** |
Ч2=1,09 P=0,3 |
Ч2=0 P=1 |
Ч2=2,55 P=0,11 |
Ч2=0,21 P=0,56 | ||||||
Rs 2071045 (LEP) |
Частоты генотипов, % |
СС |
41,7 |
33,3 |
OR=0,83 Cl: 0,60 - 1,14 |
Ч2=2,48 P=0,29 |
2,0 |
5,2 |
OR=1,21 Cl: 0,82 - 1,79 |
Ч2=2,30 P=0,32 |
CT |
42,6 |
50,4 |
35,1 |
35,1 | ||||||
TT |
15,7 |
16,3 |
62,9 |
59,7 | ||||||
Частота аллеля, % |
T |
37,0 |
41,5 |
Ч2=1,33 P=0,25 |
80,5 |
77,3 |
Ч2=0,93 P=0,33 | |||
Р** |
Ч2=0,71 P=0,4 |
Ч2=0,07 P=0,8 |
Ч2=1,41 P=0,24 |
Ч2=0 P=1 | ||||||
Rs 3828942 (LEP) |
Частоты генотипов, % |
AA |
57,1 |
56,3 |
OR=1,03 Cl: 0,71 - 1,49 |
Ч2=0,98 P=0,61 |
27,0 |
21,4 |
OR=0,68 Cl: 1,08 - 2,03 |
Ч2=8,88 P=0,01 |
AG |
38,7 |
41,4 |
58,6 |
50,3 | ||||||
GG |
4,2 |
2,3 |
14,5 |
28,3 | ||||||
Частота аллеля, % |
G |
23,6 |
23,0 |
Ч2=0,03 P=0,87 |
43,8 |
53,5 |
Ч2=5,86 P=0,02 | |||
Р** |
Ч2=0,69 P=0,41 |
Ч2=2,36 P=0,12 |
Ч2=,712 P=0,1 |
Ч2=0 P=0,96 | ||||||
Rs 1014064 (ACVR2A) |
Частоты генотипов, % |
AA |
39,4 |
36,2 |
OR=0,87 Cl: 0,63 - 1,20 |
Ч2=0,92 P=0,63 |
37,7 |
45,0 |
OR=1,27 Cl: 0.91 - 1,77 |
Ч2=1,85 P=0,4 |
AG |
49,1 |
48,8 |
45,0 |
41,6 | ||||||
GG |
11,5 |
15,0 |
17,2 |
13,4 | ||||||
Частота аллеля, % |
G |
36,1 |
39,4 |
Ч2=0,73 P=0,39 |
39,7 |
34,2 |
Ч2=1,95 P=0,16 | |||
Р** |
Ч2=0,4 P=0,53 |
Ч2=0,04 P=0,84 |
Ч2=0,23 P=0,63 |
Ч2=0 P=1 | ||||||
Rs 17742342 (ACVR2A) |
Частоты генотипов, % |
AA |
92,1 |
89,2 |
OR=0,72 Cl: 0,35 - 1,49 |
Ч2=0,84 P=0,66 |
66,0 |
75,0 |
OR=1,50 Cl: 0,96 - 2,33 |
Ч2=4,58 P=0,1 |
AC |
7,9 |
10,8 |
32,7 |
25,0 | ||||||
CC |
0 |
0 |
1,3 |
0 | ||||||
Частота аллеля, % |
C |
3,9 |
5,4 |
Ч2=0,80 P=0,37 |
17,6 |
12,5 |
Ч2=3,25 P=0,07 | |||
Р** |
Ч2=0,03 P=0,53 |
Ч2=0,03 P=0,86 |
Ч2=1,70 P=0,19 |
Ч2=3,37 P=0,48 | ||||||
Rs 2161984 (ACVR2A) |
Частоты генотипов, % |
AA |
11,6 |
14,3 |
OR= 0,84 Cl: 0,61 - 1,16 |
Ч2=1,14 P=0,57 |
15,3 |
12,8 |
OR= 1,18 Cl: 0,84 - 1,65 |
Ч2=0,88 P=0,64 |
AG |
46,5 |
49,2 |
44,0 |
41,6 | ||||||
GG |
41,9 |
36,5 |
40,7 |
45,6 | ||||||
Частота аллеля, % |
A |
34,9 |
61,1 |
Ч2=1,10 P=0,29 |
37,3 |
33,6 |
Ч2=0,93 P=0,33 | |||
Р** |
Ч2=0,05 P=0,83 |
Ч2=0,07 P=0,79 |
Ч2=0,24 P=0,62 |
Ч2=0,27 P=0,61 | ||||||
Rs 10497025 (ACVR2A) |
Частоты генотипов, % |
CC |
85,9 |
85,2 |
OR= 1,06 Cl: 0,59 - 1,90 |
Ч2=1,31 P=0,52 |
51,3 |
57,2 |
OR=1,25 Cl: 0,87 - 1,78 |
Ч2=1,35 P=0,51 |
CG |
11,7 |
13,9 |
38,7 |
35,5 | ||||||
GG |
2,3 |
0,8 |
10,0 |
7,2 | ||||||
Частота аллеля, % |
G |
8,2 |
7,8 |
Ч2=0,04 P=0,84 |
29,3 |
25,0 |
Ч2=1,43 P=0,23 | |||
Р** |
Ч2=3,57 P=0,06 |
Ч2=0,02 P=0,88 |
Ч2=0,30 Р=0,58 |
Ч2=0,13 Р=0,72 |
Примечание: N - количество индивидов в группе. * - значение критерия 2 С поправкой Йейтса и уровень значимости р получены при сравнении частот аллелей или генотипов контрольной группы и группы больных гестозом. ** - соответствие распределению Харди-Вайнберга. Жирным шрифтом выделены статистически значимые различия (р<0,05).
При сравнительном анализе частот аллелей и генотипов по изученным полиморфизмам генов LEP и ACVR2A между больными гестозом и контрольной группы были установлены статистически значимые отличия в популяции русских по SNP rs3828942 (LEP) . В контрольной группе отмечалось повышение частоты генотипа GG(OR=0,43; Cl: 0,24-0,76) и аллеля G (OR=0,68; Cl: 1,08 - 2,03) по сравнению с этими показателями у пациенток с гестозом (рис. 16). Таким образом, можно сделать вывод, что аллель G, и генотип GG имеют протективный эффект. Интересным является тот факт, что аллель G является предковым. Также была обнаружена тенденция к ассоциации с гестозом полиморфизма rs2167270 гена LEP: было установлено статистически значимое повышение частоты аллелля A (OR=2,10; Cl: 1,05 - 4,20) в группе больных, по сравнению с контрольной группой и тенденция к ассоциации с генотипом АА (ч2=5,56; p=0,06 ) (рис. 17).
При сравнении исследованных групп в популяция якутов по всем полиморфизмам генов LEP и ACVR2A значимых отличий между группой больных и контрольной выборкой не найдено.
Рисунок 16 - Распределение частот аллелей и генотипов rs3828942 (LEP) у больных гестозом и в контрольной группе в популяции руских.
Примечание: * отмечены статистически значимые отличия
Рисунок 17 - Распределение частот аллелей и генотипов rs2167270 (LEP) у больных гестозом и в контрольной группе в популяции руских.
Примечание: * отмечены статистически значимые отличия, --> отмечены тенденции к ассоциации
В настоящее время ведутся активные исследования различных генов-кандидатов гестоза, а так же полиморфных вариантов генов, влияющих на развитие сопутсвующих гестозу осложнений, в том числе и изученных в данной работе полиморфных вариантов генов LEP и ACVR2A. Например, учеными из Шри-Ланки была установлена ассоциация между артериальной гипертензией, развивающейся на фоне преэклампсии и носительством генотипа АА по полиморфизму -2548G/A [134]. Учеными из Чехии проводилось исследование на наличие связи между развитием гестационного сахарного диабета и тем же полиморфизмом, в ходе которого подтвердилось предположение о возможной ассоциации[138]. В то же время, другая работа чешских исследователей не показывает наличия связи между носительством мутантного генотипа по тому же полиморфизму и развитием преэклампсии [75]. Исследование немецких ученых продемонстрировало отсутствие связи между гипертензивными растройствами при преэклапсии и микросателлитными полиморфизмами (TTTC) в гене LEP [142].К аналогичным выводам пришли и ученые из семмельвейского университета (Венгрия, г. Будапешт)[ 117].
Учеными из г. Хельсинки в 2011 году было проведено и сследование ассоциации Rs1424954 гена ACVR2A cриском развития преэклампсии у женщин из финляндии. В ходе исследования не удалось выявить предпологаемую ассоциацию, что авторы объяснили наличием большого колличества SNPs в данном гене, и необходимостью более детальных иследований[107]. Группой ученых из Австралии, изучавшими ассоциацию с преэклампсией полиморфизмов rs13430086, rs10497025, LF004, LF013 и LF020 гена рецептора активина 2 типа А, также не было получено статистических данных в пользу данной ассоциации [88]. Норвежскими учеными в 2009 году была проведена масштабная работа (общий объем выборки составил 65 000 жителей Норвегии) по анализу ассоциаций SNPs rs1014064, rs17742134, rs1424941, rs2161983, rs3768687 и rs3764955 гена ACVR2A. Итогом работы стало установление ассоциации между риском развития преэклампсии и носительством мутантных аллелей rs1424941, rs1014064, rs2161983 и rs3768687[128].
Таким образом помимо GWLS, зарубежными авторами была показана ассоциация некоторых полиморфизмов гена ACVR2A с риском развития преэклампсии, а так же были установлены статистически значимые отличия между контрольными выборками и группами пациенток с осложнениями беременности по некоторым SNPs гена LEP, что еще раз подтверждает необходимость дальнейших исследований этих генов, в качестве кандидатных при различных нарушениях беременности.
Похожие статьи
-
Полногеномный анализ ассоциаций tagSNPs с преэклампсией GWAS (Genom-wide association study) - полногеномный анализ ассоциаций позволяет выявить множество...
-
1) Провести анализ ассоциаций генотипов и аллелей исследованных полиморфизмов с гестозом в популяциях русских и якутов. 2) Оценить ассоциации...
-
Клеточный сигнальный белок активин А - член суперсемейства сигнальных белков, таких как TGF-b (рис. 4). Роль этих белков была описана в различных...
-
Ранняя диагностика и своевременная профилактика различных заболеваний являются одной из наиболее актуальных проблем современной медицины. Самую...
-
Согласно современным исследованиям последних лет, генетическая компонента гестоза может составлять 50%. Изучение генетических маркеров, ассоциированных с...
-
Статистическая обработка результатов исследования проводилась с помощью пакета статистических программ "Statistica 6.0". Различие двух сравниваемых...
-
Международный проект HapMap был создан и стартовал в 2002 году усилиями многих стран с целью каталогизировать индивидуальные генетические особенности...
-
Прогресс технологии генотипирования и разработка современных статистических методов предоставили новые возможности для изучения роли вариабельности...
-
Клиническая характеристика обследованных пациенток Всего были обследованы 657 беременных женщин из двух популяций: якуты (г. Якутск) N = 340 и русские...
-
Лептин - гормон (белок 16 кДа), регулирующий энергитический обмен, оказывающий анорексигенное действие (рис. 6). Секретируется адипоцитами, клетками...
-
Семейный анализ сцепления Для гестоза полный геномный поиск (Genom-wide linkage studies) был проведен для пяти популяций на материале мультиплексных...
-
Одной из актуальных проблем современного акушерства является проблема гестоза [5]. Показатели материнской смертности в мировой практике весьма стабильны...
-
Согласно одному из распостраненных определений, гестоз представляет собой синдром полиорганной недостаточности, возникающей при беременности, в основе...
-
В данной работе исследовано 9 полиморфных вариантов 2 кандидатных генов подверженности к гестозу: рецептора активина 2 типа (ACVR2A) и лептина (LEP) . В...
-
Одним из активно разрабатываемых направлений с применением технологии микрочипов является исследование транскрипционных профилей при сложных...
-
Выделение ДНК из лейкоцитов венозной крови Выделение ДНК проводили стандартным методом с использованием фенол-хлороформной очистки [98, 120]. К 0.7 мл...
-
ДНК-маркеры - Методы исследования популяции человека
Для изучения структуры генофонда и этногенеза современных популяций человека в качестве первых молекулярно-генетических маркеров стали использовать...
-
Генетические регистры - Методы исследования популяции человека
Определение распространенности максимально возможного числа нозологических форм наследственных заболеваний в популяции, возможно, путем создания...
-
Полиморфные белки - Методы исследования популяции человека
Изучая генетическую структуру населения определенного региона проводятся исследования генетико-биохимического полиморфизма систем транспортных белков...
-
Факторы популяционной динамики, Инбридинг - Генетические процессы в популяциях
Инбридинг Понятие "инбридинг" широко используется в популяционной генетике при описании особенностей генетической структуры популяций. Случайное...
-
Основной закон популяционной генетики - Генетические процессы в популяциях
Закон Харди-Вайнберга -- это ключевая закономерность популяционной генетики. Этот закон можно сформулировать следующим образом: в популяции бесконечно...
-
"Обзорный" метод - Методы исследования популяции человека
Наиболее полноценным методом проведения популяционно-генетических исследований является "обзорный". Данный метод позволяет проводить обследование и...
-
Биологическими маркерами принято считать устойчивые биохимические, физиологические, анатомические и иные признаки организмов, варьирующие в норме в...
-
Достоверность результатов исследований - Оценка методологического качества клинических исследований
Всякие исследования, исходя из надежности и достоверности полученных результатов и их применимости в клинической практике, характеризуются с двух позиций...
-
Классификация мутаций - Мутация
1. По способу возникновения. Различают спонтанные и индуцированные мутации Спонтанные происходят в природе крайне редко с частотой 1-100 на миллион...
-
Мутации, Естественный отбор - Генетические процессы в популяциях
Мутации являются одним из стохастических факторов, влияющих на равновесие генных частот в популяции. Мутации возникают постоянно и приводят к появлению...
-
Для оценки встречаемости (обилия) и приуроченности видов рода Amanita Fr. к различным фитоценозам мы на маршрутных ходах глазомерным методом по...
-
Предмет генетической эпидемиологии, Генетическая эпидемиология - Генетические процессы в популяциях
Генетическая эпидемиология В середине 50-х годов 20 века оформилось новое научное направление - генетическая эпидемиология, которая реализуется при...
-
Экспериментальные данные за последнее время, как отечественных, так и зарубежных исследователей свидетельствуют о высокой биологической активности...
-
Оценка случайного инбридинга методом изонимии - Методы исследования популяции человека
Фамилия - основная часть триединого полного русского именования человека - является очень интересным словом, которое может расцениваться и как памятник...
-
Материалы и методы. Обследовано 105 больных туберкулезом органов дыхания. Наряду с клинико-рентгенологическими и лабораторными обследованиями изучали...
-
Популяция - элементарная единица эволюции - Популяция как элементарная единица эволюции
Отдельные особи, не имеют собственной эволюционной судьбы, потому что все эволюционные события осуществляются при смене поколений. Вид, подвид, группы из...
-
Наследование голандрического признака - Генетика человека
Таблица 1.Типы наследования некоторых признаков у человека Аутосомный Х-сцепленный Голандрический Рецессивный Доминантный Рецессивный Доминантный Голубые...
-
Основные методы, которые были использованы при исследовании видов рода Amanita Fr. - это среднемасштабный маршрутный метод исследования микобиоты и...
-
Нами была проведена сравнительная оценка различных механизмов персистенции вируса в организме гусениц непарного шелкопряда и условия ее перехода в острое...
-
Популяционные волны, Классификация популяционных волн - Популяция как элементарная единица эволюции
При характеристике популяции как элементарной эволюционной единицы одной из важных и постоянных черт признано явление колебания ее численности, волн...
-
Основные: появление алой крови в рвотных массах после предшествующих многократных рвотных сокращений; интенсивные, острые, резкие неиррадиирующие боли в...
-
Задача физиологии растений как науки - исследование процессов метаболизма, роста и развития растений, выяснение механизмов этих процессов и взаимосвязей...
-
Сокращаясь, мышцы выполняют работу. Работа зависит от их силы. Мышца тем сильнее, чем больше в ней мышечных волокон, то есть чем она толще. При пересчете...
-
К началу XIX века главные открытия в анатомии человека были сделаны. На долю последующих поколений анатомов оставалось тщательное, максимально полное...
Анализ распределения частот генотипов и аллелей tagSNPs генов LEP и ACVR2A в изученных популяционных выборках - Анализ ассоциаций tagSNPs и гаплотипов генов LEP и ACVR2A с развитием гестоза в популяциях русских и якутов